En 1505 abandonó definitivamente Italia y pasó seis años como médico y secretario de su tío. A la muerte de éste, en 1512, Copérnico acudió a Frauenburg (actualmente parte de Letonia y denominada Saldus), entonces perteneciente a Austria, por haber sido nombrado canónigo de la catedral en 1497. A pesar de que nunca tomó los hábitos, asumió el cargo de canónigo y todo su conocimiento lo puso a disposición de la diócesis. Copérnico murió en Frauenburg el 24 de mayo de 1543.
La teoría de Copérnico sobre el Universo
La teoría de Copérnico era sólo parcialmente correcta. Actualmente sabemos que el Sol no es el centro del Universo y, gracias a los cálculos matemáticos de
Copérnico había completado su teoría alrededor de 1530, pero no fue hasta 1543 cuando accedió a publicarlo en De Revolutionibus Orbium Coelestium (De las revoluciones de las esferas celestes
). Su reserva a publicarlo se debía al temor de ser acusado de herejía o de locura. Copérnico al final se dejó convencer por los bienintencionados argumentos de sus amigos y por su joven alumno Rheticus, que obtuvo permiso para publicar un informe del nuevo sistema bajo el título Narratio Prima de Libris Revolutionum (El primer ensayo de los libros sobre las revoluciones
). Éste fue el primer trabajo impreso sobre la teoría copernicana. La burla que produjo este trabajo fue menor de la que Copérnico se imaginaba y esto le impulsó a acceder a publicar De Revolutionibus. El papa Pablo III aceptó que le dedicara el libro.
La publicación había sido revisada por el ministro luterano Andreas Osiander, que había incluido un prólogo sin permiso de Copérnico, al efecto de que el trabajo no fuera tomado como una teoría real, sino más bien como una ayuda para el cálculo. Esto fue probablemente lo que motivó que no se incluyera en la lista de libros prohibidos hasta 1616, en la que permaneció hasta 1835.
Con el tiempo, De Revolutionibus fue un estímulo para que los astrónomos volvieran a pensar en el tamaño del Universo y también para que buscaran una nueva explicación a la caída de los cuerpos.