Después de su doctorado, Paracelso viajó por Europa durante diez años: Inglaterra, Irlanda, Escocia, Países Bajos (donde trabajó como cirujano del ejército), Italia y Rusia. También visitó Egipto y otros países de Oriente Medio, donde entró en contacto con famosos alquimistas. Volvió a Villach en 1524 y ocupó un puesto de profesor en la universidad de Basilea. Sin embargo, y debido a sus numerosos críticos, se vio obligado a huir al cabo de sólo un año. Pasó otros ocho años viajando. En esa época escribió un libro de cirugía (Die grosse Wundartzney) que le proporcionó mucha fama. Murió en 1541 en Salzburgo (Austria) al servicio de Ernesto, duque de Baviera.
Paracelso alejó la alquimia de su estéril objetivo de transmutar los metales básicos en oro y la encaminó hacia la preparación de productos medicinales. Su interés por usar compuestos puros y no mezclas indeterminadas preparó el camino para una comprensión de que los compuestos químicos se distinguen por su composición elemental. Ideó un sistema de nomenclatura para nombrar a los compuestos conocidos pero que todavía no estaban definidos.
La idea de Paracelso según la cual la enfermedad estaba causada por agentes externos constituyó un gran avance. Comprendió que una herida se curaría por sí sola si se mantenía a salvo de las infecciones. Su estudio de la enfermedad le llevó a describir enfermedades ocupacionales entre los mineros, como la silicosis y la tuberculosis, y una explicación médica de la enfermedad nerviosa corea (anteriormente se creía que era el resultado de una posesión por espíritus malignos). Sospechaba correctamente que el bocio era consecuencia de una falta de minerales en el agua y diferenció las dos formas de la sífilis: la infecciosa y la congénita, que trataba con dosis de mercurio.
Philippus von Hohenheim adoptó el nombre de Paracelso para reafirmar su supremacía por encima del médico romano Celso (25 a.C.–50 d.C.): para significa en griego por encima. Paracelso era presumido y agresivo y a menudo mantuvo actitudes provocadoras como cuando impartía clases en alemán y no en latín, o invitaba a todo el mundo a que acudiera a la universidad de Basilea a escuchar sus clases. Poco después quemó los trabajos de Avicenna y