Les orientations concernant le statut confessionnel des écoles publiques, l'enseignement moral et religieux, l'animation pastorale et religieuse ainsi que les structures administratives, ont été élaborées à partir de quatre repères: social, culturel, juridique et pédagogique.
En effet, dans une société pluraliste, l'école doit viser la cohésion sociale et la religion ne doit pas faire sa place dans l'institution scolaire en dressant des frontières mais en favorisant le vivre-ensemble.
Du point de vue culturel, l'école doit faire comprendre l'importance de la tradition judéo-chrétienne dans l'histoire du Québec par-delà la reconnaissance du pluralisme religieux et de nouvelles cultures présentes dans la société.
Juridiquement, il importe d'adopter des positions qui puissent assurer le respect des droits fondamentaux comme ceux d'égalité et de liberté de conscience et de religion.
Finalement, d'un point de vue pédagogique, il faut favoriser l'adaptation progressive à des situations dans le respect des rythmes et des points de vue.