Les commissions scolaires ont la responsabilité de mettre en oeuvre la formation professionnelle au secondaire selon les prescriptions établies dans les lois et les réglementations. Les notions présentées au module 4 intitulée Commissions scolaires : structures et fonctionnement s'appliquent à la formation professionnelle. Il importe tout de même de décrire les détails de l'organisation des commissions scolaire qui sont spécifiques à la formation professionnelle.

Pour la majorité des commissions scolaires, une division particulière des services éducatifs est instituée. Les services éducatifs de la formation professionnelle sont souvent regroupés dans une unité distincte avec la formation générale adulte. Un directeur des services éducatifs de la formation professionnelle et de l'éducation des adultes est nommé et peut profité des services d'un ou plusieurs coordonnateurs qui l'assistent dans ses fonctions. En plus de coordonner l'opération des centres de formation professionnelle (CFP), les services éducatifs de la formation professionnelle disposent normalement d'une équipe de professionnels (conseillers pédagogiques, conseillers d'orientation, psychopédagogues, etc.) qu'ils déploient dans les différentes installations de la commission scolaire au besoin. Il est important de mentionner que, malgré les grands pouvoirs que les enseignants pourraient percevoir chez le directeur des services éducatifs, celui-ci n'est pas en autorité hiérarchique sur les directions d'établissement qui eux relèvent de la direction générale selon la Loi. Les services éducatifs de la formation professionnelle seront par exemple responsable de l'implantation d'un nouveau centre ou d'un nouveau projet ministériel, de l'organisation d'un système d'admission central à la commission scolaire, de l'organisation de perfectionnement en formation professionnelle pour toute la commission scolaire, des contacts et des liens officiels avec le MELS ou d'autres organismes externes, ou des liens officiels avec les autres commissions scolaires de la région, de la planification budgétaire, etc.

La Loi sur l'instruction publique institue l'établissement qui porte le titre officiel de Centre de Formation Professionnelle (CFP). La loi instaure aussi un directeur de CFP qui peut être assisté d'un ou plusieurs adjoints. Un CFP doit faire l'objet d'un acte d'établissement (document légal d'institution) tout comme une école primaire ou secondaire. Ce document détermine, entre autres, quels bâtiments et locaux font partie du CFP. Le directeur et ses adjoints sont en autorité hiérarchique directe sur les enseignants.

Le MELS, à travers l'instruction annuelle (voir la section intitulée Le cadre légal et réglementaire particulier de la formation professionnelle et technique), détermine quels programmes une commission scolaire est autorisée à offrir. Celle-ci organise le programme dans le CFP de son choix.