変換モードが、"人名/地名変換" になっている可能性があります。通常の文章を入力する場合には、一般モードをご利用ください。
また、ユーザー辞書が壊れている可能性があります。ユーザー辞書を修復すると、変換結果が元に戻ることがあります。
間違った操作による学習が原因で、学習した情報がかえって変換に悪影響を及ぼすことがあります。ユーザー辞書を修復することをお勧めします。ユーザー辞書を修復すると、元の変換状態に戻ることがあります。
また、登録した単語が悪影響を及ぼしていることもあります。その場合は登録単語を削除してみてください。
MS-IME 2000 は、さまざまな場面で日本語入力が効率的にできるようにシステム辞書の内容を拡充してあります。このため、他社製の日本語入力システムのユーザー辞書をコンバートしないと使えない、ということはありません。他社製品とは言語解析の仕組みが異なります。このため大量の単語 (たとえば、他社製品のシステム辞書の内容すべて) をコンバートすると、逆に変換精度やスピードが悪くなることがあります。
すでに他社製のユーザー辞書をコンバートして変換がおかしくなったときは、登録した単語をいったんテキスト ファイルとして保存してから新規にユーザー辞書を作成してお使いください。