Win2000では項目の並び順が反映されません。これはIE MenuExt側の問題ではなくIEの問題です。
IE MenuExtで並べ替えが出来るというのは、Win9xにおいてIEがレジストリの書き込み日時順に項目を追加していく、
という動作を利用したものです。
これはIEがわざわざ日時順にソートしているわけではなく、
レジストリを列挙するAPI(OSの機能)がそのような仕様になっていて、
IEはその順番に追加しているというだけです。
ところがWin2000ではこのAPIはアルファベット順で列挙するようになりました。
よってIEはその順番に従っているだけなのでアルファベット順に並んでしまうわけです。
この問題に関してIE MenuExt側は対処することが出来ません。 項目名の先頭に数字を振るなど工夫してください。