home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Breakthrough: Utilities & Productivity / SharewearBreakthroughUtil_ProdCol.cdr / util / macaw / iupac.scr < prev    next >
Text File  |  1991-07-30  |  1KB  |  44 lines
  1. MacawScoreFile ::= {
  2.  
  3. -- Score matrix for DNA sequence comparisons.
  4. -- All matches get +5 and all mismatches get -3
  5.  
  6.   version { major 1, minor 02 },
  7.  
  8.   scores {
  9.     title      "DNA +5/-3",
  10.     seq-type    nucleic,
  11.     symbol-set "GATC",
  12.     score-table {
  13.         {  5, -3, -3, -3 },
  14.         { -3,  5, -3, -3 },
  15.         { -3, -3,  5, -3 },
  16.         { -3, -3, -3,  5 } 
  17.     },
  18.  
  19.     -- Statistical constants computed according to 
  20.     -- Karlin & Altschul (1990).  Proc.Natl.Acad.Sci.USA  87, 2264-2268.
  21.  
  22.     stats-table {
  23.         {  2, 0.1435, 0.0949 },
  24.         {  3, 0.1189, 0.1283 },
  25.         {  4, 0.1008, 0.1669 },
  26.         {  5, 0.0870, 0.1651 },
  27.         {  6, 0.0762, 0.1522 },
  28.         {  7, 0.0677, 0.1437 },
  29.         {  8, 0.0607, 0.1422 },
  30.         {  9, 0.0549, 0.1304 },
  31.         { 10, 0.0501, 0.1093 },
  32.         { 11, 0.0461, 0.1009 },
  33.         { 12, 0.0426, 0.0944 },
  34.         { 13, 0.042,  0.090  }, 
  35.         { 14, 0.039,  0.087  }, 
  36.         { 15, 0.036,  0.085  }, 
  37.         { 16, 0.034,  0.083  } 
  38.     } 
  39.   }
  40. }
  41.  
  42.  
  43.  
  44.