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Text File  |  1994-10-28  |  8KB  |  202 lines
  1. [15/12/93]    molecule.c
  2.         Corrected a bug in the helix determination algorithm that
  3.         resulted in helices sometimes being one residue shorter than 
  4.         Kabsch and Sander's DSSP output. Thanks to Shane Sturrock.
  5.  
  6. [15/12/93]    x11win.c
  7.         Modified the way that FetchEvent waits for the next XEvent
  8.         to allow interactive use on VMS systems and UNIXs without
  9.         TERMIOS or select(2) functions.
  10.  
  11. [14/12/93]    command.c
  12.         Made several changes to ensure that the latest extensions to
  13.         RasMol compile on VMS systems without warnings/errors.
  14.  
  15. [13/12/93]    x11win.c raswin.c
  16.         Ignore mouse movements close to initial starting position.
  17.  
  18. [13/12/93]    outfile.c
  19.         Corrected bug in "write script" that caused magnifications 
  20.         such as "zoom 140" to be written as reductions, "zoom 40".
  21.  
  22. [10/12/93]    x11win.c
  23.         Changed the (default) menu fonts from 12pt to 14pt and fixed
  24.         a serious `sprintf' bug, to avoid the program crashing on 
  25.         machines without the required fonts, such as NCD X-terminals.
  26.         Very special thanks to Norm Yamane for the bug fixes.
  27.  
  28. [10/12/93]    rasmol.c
  29.         Removed the "static" declaration qualifier from HandleEvents 
  30.         in both the function prototype and main definition to avoid 
  31.         a feature of the new IRIX compiler that only resolves forward 
  32.         references in the same file at link time!
  33.  
  34. [02/12/93]    tokens.h command.c molecule.c abstree.c abstree.h
  35.         Added the predefined set "water"/"waters" that contains
  36.         all the heterogenous water molecules; "H0H","WAT" and "H20".
  37.         Also allow PDB residue TRY as a synonym for TRY, CPR as a
  38.         synonym for PRO and also CSH, CYH and CSM for CYS.
  39.  
  40. [01/12/93]    molecule.h
  41.         Removed "extern" definitions of [Min,Max][Main,Heta]Atom from
  42.         molecule.h that caused the VMS linker to generate unresolved 
  43.         symbol errors/warnings! Thanks to Carl David.
  44.  
  45. [29/11/93]    rasmol.h
  46.         Check to prevent redefinition of "PI" if its defined in 
  47.         <math.h>, to avoid Linux errors. Thanks to Robert Herzog.
  48.  
  49. [25/11/93]    outfile.c
  50.         Corrected bug in RasMol "write script" command that caused
  51.         some problems of the axes had been rotated by more than 90
  52.         degrees (caused by asin). Also fixed RasWin "write script".
  53.  
  54. [25/11/93]    command.c
  55.         Fixed bug in RasWin that caused molecules to translate and
  56.         rotate differently to the UNIX version due to INVERT.
  57.  
  58. [24/11/93]    outfile.c outfile.h command.c tokens.h
  59.         Prototype implementation of a RasMol "write molscript" command
  60.         to generate MolScript script files of the current image. It
  61.         currently only outputs the molecule's secondary structure to
  62.         generate a ribbon diagram.
  63.  
  64. [24/11/93]    molecule.c molecule.h command.c command.h
  65.         Modified RasMol to internally keep track of the currently
  66.         loaded molecule's original filename.
  67.  
  68. [23/11/93]    outfile.c outfile.h command.c
  69.         Added the RasMol "write script" command to generate a RasMol
  70.         script file containing current parameter values and viewing
  71.         transformation.
  72.  
  73. [23/11/93]    molecule.c
  74.         Convert Alchemy atom names to upper case, and use the file
  75.         line number as the atoms serial number to avoid problems.
  76.  
  77. [23/11/93]    transfor.c transfor.h command.c
  78.         Uncovered RasMol bug that caused RasMol to not execute
  79.         rotations in the order they appear in a script file and 
  80.         applied all X, Y and Z rotations once the file was loaded.
  81.  
  82. [23/11/93]    raswin.c
  83.         Modify DDEExecuteCommand() to redraw the screen after each
  84.         DDE Execute command list. This solves the bug caused by moving
  85.         the redraw processing to handle the scroll bars properly.
  86.  
  87. [22/11/93]    command.c
  88.         Added the RasMol "background" command which is synonymous
  89.         with the command "set background" for compatability.
  90.  
  91. [22/11/93]    raswin.c
  92.         Modified RasWin to only accept mouse movement transformations
  93.         only after RasWin detects the preceeding mouse button press.
  94.         This avoids spurious translations after using dialog boxes.
  95.  
  96. [22/11/93]    command.c
  97.         Corrected `logic' problem in RasMol that caused the program to
  98.         exit sucessfully if a menu option is selected while loading
  99.         a molecule. Menu options are now ignored during loading.
  100.  
  101. [22/11/93]    render.c
  102.         Corrected bug in IdentifyAtom() that sometimes caused RasMol
  103.         to crash when picking "Ball & Stick" representations by not
  104.         determining the Chain and Group of the selected bond's atom.
  105.  
  106. [19/11/93]    raswin.c
  107.         Fixed bug in RefreshScreen handling that only redrew image
  108.         if DispatchMessage() was called from the main loop. The screen
  109.         is now checked for refresh after each Windows message causing
  110.         the molecule to rotate whilst scrolling. Added the UNIX mouse
  111.         movement/key combinations to translate/rotate/zoom and slab
  112.         the molecule. Picking follows the same rules as RasMol.
  113.  
  114. [19/11/93]    mswin31.c
  115.         Corrected bug in UpdateScrollBars() moved the button in the
  116.         opposite direction to UNIX. Changed TranferImage() to force
  117.         the screen to be redrawn immediately.
  118.  
  119. [18/11/93]    x11win.c
  120.         Added mouse control of rotation, translation, zooming and 
  121.         slabbing by moving mouse while pressing down a mouse button
  122.         and optionally holding either the [shift] or [control] keys.
  123.         Picking is by pressing/releasing mouse in the same position.
  124.  
  125. [17/11/93]    command.c
  126.         Added "reset" command to initialise all the dial values to
  127.         their default values. Modified the new filename parsing to
  128.         avoid "save xyz.pdb" generating the file ".pdb" and issuing
  129.         an error message. File types must be followed by whitespace.
  130.  
  131. [17/11/93]    transfor.c
  132.         Corrected bug in ColourBackAttrib that resulted in the RasMol
  133.         "colour backbone" command colouring everything. Thanks to
  134.         Shane Sturrock.
  135.  
  136. [15/11/93]    x11win.c
  137.         Handle ICCM "WM_DELETE_WINDOW" request from window manager.
  138.         Added fatal XIO error handling and `gracefull' shutdown.
  139.  
  140. [08/11/93]    command.c
  141.         Filenames no longer need to be delimited with either quote
  142.         or apostrophe characters in the RasMol load, script, write
  143.         and save commands. Filenames beginning with a tilde are now 
  144.         `globbed' on UNIX systems. Space characters are ignored at
  145.         the start of filenames. Try compression file extensions and
  146.         environment search paths when loading a file.
  147.  
  148. [05/11/93]    command.c transfor.c transfor.h
  149.         Permit magnification over 200% based upon the size of the
  150.         molecule. Zoom only reports an error if the maximum "image"
  151.         size of a sphere (about 120 pixels radius) is exceeded. This
  152.         leads to interesting behaviour when enlarging the screen at
  153.         maximum magnification ... objects stay the same size!
  154.  
  155. [05/11/93]    command.c molecule.c molecule.h
  156.         Added the ability to read in compressed file formats. 
  157.         Currently supported compression formats are UNIX `compress' 
  158.         (".Z") and GNU gzip (".gz" and ".z") compression formats.
  159.  
  160. [05/11/93]    abstree.h
  161.         Increased the default VDW radius for unknown atoms to 1.44A.
  162.  
  163. [01/11/93]    command.c command.h rasmol.c raswin.c
  164.         Disable slabbing and shadows after a RasMol "zap" command.
  165.  
  166. [01/11/93]    molecule.c
  167.         Remove the use of EndOfData in molecule.c that was creating
  168.         problems for the RasMol zap command on certain PDB files.
  169.  
  170. [22/10/93]    molecule.c
  171.         Modified FetchRecord to use either line feed '\n' or carriage
  172.         return '\r' as line terminator to support Mac format files.
  173.  
  174. [22/10/93]    rasmol.c
  175.         Placed HandleEvents function prototype inside #ifdef __STD__
  176.         after changing it to take a paramter. Thanks to Joseph Warden.
  177.  
  178. [20/10/93]    rasmol.c
  179.         Include <sys/termio.h> instead of <termio.h>, to allow the
  180.         program to be compiled under 386BSD. Thanks to Robert Miller.
  181.  
  182. [17/10/93]    rasmol.c
  183.         Include <sys/select.h> if _AIX is defined for IBM RS/6000s
  184.         under AIX 3.2. Thanks to John Harvey.
  185.  
  186. [15/10/93]    rasmol.c
  187.         Added #include <sys/select.h> to rasmol.c, when _SEQUENT_ is
  188.         defined to allow struct fd_set to be properly defined.
  189.  
  190. [15/10/93]    rasmol.c
  191.         Solved problem that LexState is not defined when TERMIOS is
  192.         undefined, and never initialised. Thanks to John Harvey.
  193.  
  194. [15/10/93]    !Announced the public release of RasMol and RasWin version
  195.         2.2, available by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  196.         [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The announcement
  197.         was made in both bionet.software, bionet.announce, sci.bio,
  198.         sci.chem, comp.graphics.visualisation newsgroups.
  199.  
  200. [13/10/93]    !RasMol/RasWin version 2.2 presentation given at Glaxo Group
  201.         Research, Greenford, Middlesex.
  202.