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Text File  |  1996-09-25  |  4KB  |  105 lines
  1. # File PROJECTS
  2. # RasMol2, Roger Sayle
  3. # Glaxo Research & Development
  4. # Last Modified 28/03/95
  5.  
  6. # Any person (university or company) wishing to help with any
  7. # of the projects described below, please e-mail the author at
  8. # "ras32425@ggr.co.uk".
  9.  
  10.  
  11. [A] Machine Independent
  12. =======================
  13.  
  14. [A1] Input Formats
  15. ------------------
  16.     [1] BioSym's .car format (including polymer extensions).
  17.     [2] Macromodel format files.
  18.     [3] Implement STAR file parser for mmCIF,MIF and MODEL files
  19.     [3] Gaussian (z-matrix) files.
  20.     [4] DayLight Chemical System's Thor data trees (.tdt)
  21.     [5] Support for complex parsing of ASN.1 mmdb 
  22.  
  23. [A2] Chemistry/Biology Support
  24. ------------------------------
  25.     [1] Priestle-style Structure Smoothing
  26.     [2] Define "cisproline" from Omega angles.
  27.     [3] Crystallographic Symmetry operators.
  28.     [4] Richardson's `typed' turn definitions (instead of DSSP)
  29.     [5] "phi" & "psi" properties of amino acid residues.
  30.     [6] "helix(3)" and "turn(2)" subtypes in expressions.
  31.     [7] "set dielectric" parameter for potential surfaces.
  32.     [8] Read default SSBOND from PDB file.
  33.     [9] Determine charges using "Marselli-Gasteiger"
  34.  
  35. [A3] Output Formats
  36. -------------------
  37.     [1] Persistance of Vision (POV) ray tracer format
  38.     [2] Write out secondary structure to PDB files
  39.     [3] Vector PostScript output of Ribbons (MolScript)
  40.  
  41. [A5] Representations
  42. --------------------
  43.     [1] Flat Capped Cylinder Representation
  44.     [2] Full `Connolly' Solvent Accessible Surface
  45.     [3] Solid Polygonal Solvent Surfaces [like GRASP].
  46.     [4] Priestle "Ribbons" for alpha carbon only backbones.
  47.     [5] Group (Bounding) Spheres Representation 
  48.     [6] Ortep Style thermal ellipsoid Graphics.
  49.     [7] Solid `Extruded Ellipse' Representation (MIDAS & Ribbons)
  50.  
  51. [A4] Rendering
  52. --------------
  53.     [1] Zaphod (Stereo) Mode Transformation
  54.     [2] Red-Green Stereo line drawings
  55.     [3] Improved Quality Cylinder Rendering
  56.     [4] Shadow Casting from Cylinders (IA & Quadric).
  57.     [5] Back Clipping/Slabbing Plane
  58.     [6] Shadow Casting from (Ribbon/Surface) Polygons
  59.  
  60. [A5] Misc.
  61. ----------
  62.     [1] Rewrite Manual and develop tutorial introduction.
  63.     [2] RESIZE command to set resolution even in non-iteractive mode.
  64.     [3] Increased support for MolScript & PDBregion expressions.
  65.     [4] BSD `socket'-based Inter-process Communication (OML & Flex).
  66.     [5] Optimise select expressions of the form "(atomno=%d) or (atomno=%d)"
  67.  
  68.  
  69. [B] Machine & OS Dependent
  70. ==========================
  71.  
  72. [B1] UNIX & X11 Window System
  73. -----------------------------
  74.     [1] FileOpen and FileSave Dialog Boxes
  75.     [2] X Windows Resource Database (XDefaults)
  76.     [3] Graphics Tablet and Spaceball Input
  77.     [4] X11's SGIFullScreenStereo Extension
  78.     [5] Colour 85x67 Icon for 4Dwm on SGI Machines!
  79.  
  80.  
  81. [B2] MS-DOS & MS Windows 3.1
  82. ----------------------------
  83.     [1] MS Windows WINDOWS.INI File Processing
  84.     [2] DDE Transfer of Valuators
  85.     [3] Develop 32/24bit graphics version of RasWin
  86.  
  87. [B3] Apple Macintosh & PowerMac
  88. --------------------------------
  89.     [1] Select and Copy text from the command line.
  90.     [2] Simple AppleEvents to ExecuteCommands.
  91.     [3] Advanced AppleEvents to Transfer Data.
  92.     [4] Initialisation [Preference?] File.
  93.  
  94. [B4] VAX/AXP VMS
  95. ----------------
  96.     [1] Improved filename parsing and expansion!
  97.     [2] Spawn process to uncompress files.
  98.  
  99. [B5] Other Systems
  100. ------------------
  101.     [1] Acorn Archimedes (ARM) version for UK schools.
  102.     [2] Commodore Amiga version (???).
  103.  
  104.  
  105.