home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Usenet 1994 January / usenetsourcesnewsgroupsinfomagicjanuary1994.iso / answers / biology / guide / part3 < prev    next >
Text File  |  1993-11-11  |  31KB  |  641 lines
  1. Newsgroups: sci.bio,sci.answers,news.answers
  2. Path: senator-bedfellow.mit.edu!bloom-beacon.mit.edu!spool.mu.edu!sol.ctr.columbia.edu!destroyer!gumby!yale!yale.edu!news.yale.edu!minerva!una
  3. From: Una Smith <una@minerva.cis.yale.edu>
  4. Subject: A Biologist's Guide to Internet Resources (3 of 6)
  5. Message-ID: <1993Nov11.014545.4557@news.yale.edu>
  6. Followup-To: poster
  7. Summary: Newsgroups, mailing lists, free data and software sources, and more.
  8. Originator: una@minerva
  9. Keywords: Internet archives biology ecology geology marine medical molecular
  10. Sender: news@news.yale.edu (USENET News System)
  11. Nntp-Posting-Host: minerva.cis.yale.edu
  12. Reply-To: Una Smith <smith-una@yale.edu>
  13. Organization: Yale University
  14. References: <1993Nov11.013819.4203@news.yale.edu>
  15. Date: Thu, 11 Nov 1993 01:45:45 GMT
  16. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  17. Expires: 1 February 1994 
  18. Lines: 620
  19. Xref: senator-bedfellow.mit.edu sci.bio:15737 sci.answers:625 news.answers:14502
  20.  
  21. Archive-name: biology/guide/part3
  22. Last-modified: 10 November 1993
  23.  
  24.     
  25. -*- 3. Biological Information Archives
  26.  
  27.     Many archives are mentioned throughout this section and elsewhere in this
  28.     document.  The access methods available for each archive are presented in
  29.     section 3.5, List of Archives.
  30.  
  31.     A number of people have begun to organize the many free biological
  32.     information archives, databases and services on the Internet into
  33.     well-organized menus using gopher servers.  These include Don Gilbert's
  34.     IUBio service on ftp.bio.indiana.edu and Mike Cherry's collection on 
  35.     weeds.mgh.harvard.edu in the United States, Rob Harper's "Finnish EMBnet
  36.     BioBox" on gopher.csc.fi in Finland, and Reinhard Doelz's "Information
  37.     servers in biology (gopher based)" on gopher.embnet.unibas.ch in
  38.     Switzerland.
  39.  
  40.     Yanoff (1993) is an excellent list of unusual and useful Internet
  41.     services, a few of which are mentioned in this guide.  Services listed
  42.     include:  an on-line dictionary, weather maps, a general weather report
  43.     service, an archive of statistical programs and data sets, and various
  44.     computers allowing public telnet sessions so that people who have Internet
  45.     access but not Usenet can read and post Usenet articles. 
  46.  
  47.     Stern (1993) offers an extensive list of anonymous FTP archives offering
  48.     meteorological data.
  49.  
  50. ||  Reinhard Doelz's Biocomputing Survival Guide (Doelz 1993) covers basic
  51. ||  Unix and VMS commands and the GCG software.
  52.  
  53.  
  54. -*- 3.1. Bibliographies
  55.  
  56.     Many Internet archives have searchable bibliographic databases, complete
  57.     with abstracts.  Only a few are mentioned here. 
  58.  
  59.     A bibliography of 52,000 Drosophila research publications, dating from 
  60.     1684 through this year, is offered on ftp.bio.indiana.edu.
  61.  
  62.     The US Department of Energy (DOE) Climate Data bibliography and the NASA
  63.     Global Change Data Directory are archived on ridgisd.er.usgs.gov.  The
  64.     North American Benthological Society (NABS) offers a bibliography of
  65.     recent literature in benthic biology on gopher.nd.edu.  The Long-Term
  66.     Ecological Research (LTER) program has put a bibliographic database and
  67.     catalog of data sets on lternet.edu.  (The actual data is not available
  68.     on-line.)  Check gopher.genethon.fr for bibliographies of sequence
  69.     analysis and human genome research papers. 
  70.  
  71.     The U.S. Department of Agriculture (USDA) Extension Service offers the
  72.     Research Results Database (RRDB), containing brief summaries of recent
  73.     research from the USDA's Agricultural Research Service (ARS) and 
  74.     Economic Research Service (ERS), by e-mail.  For details, send the
  75.     e-mail message "send guide" to almanac@esusda.gov.  To receive notices
  76.     of new RRDB titles, send the message "subscribe usda.rrdb".
  77.  
  78.     The U.S. Environmental Protection Agency (EPA) National Library on-line
  79.     database can be accessed for bibliographic searches via anonymous telnet
  80.     to epaibm.rtpnc.epa.gov.  A collection of GIS-related bibliographies is
  81.     available on bastet.sbs.ohio-state.edu.
  82.  
  83.     Various Usenet newsgroups and mailing lists provide the tables of contents 
  84.     (TOCs) for current issues of a few journals of interest to biologists.
  85.     Tom Schneider distributes Unix AWK scripts for converting many of these
  86.     TOCs into BibTeX-style bibliography records:  these scripts are posted in
  87.     the Usenet newsgroup bionet.journals.note. 
  88.  
  89.     The journal TOCs available in bionet.journals.contents include:
  90.  
  91.     Anatomy and Embryology
  92.     Applied Microbiology and Biotechnology
  93.     Applied and Environmental Microbiology
  94.     Binary
  95.     Biotechniques
  96.     CABIOS
  97.     Cell and Tissue Research
  98.     Chromosoma
  99.     Current Genetics
  100.     EMBO Journal
  101.     Environmental Physiology
  102.     European Journal of Biochemistry
  103.     European Journal of Physiology
  104.     Experimental Brain Research
  105.     Histochemistry
  106.     Human Genetics
  107.     IEEE Engineering in Medicine and Biology
  108.     Immunogenetics
  109.     Journal of Bacteriology
  110.     Journal of Biological Chemistry
  111.     Journal of Comparative Physiology B: Biochemical, Systemic, and
  112.     The Journal of Membrane Biology
  113.     Journal of Molecular Evolution
  114.     Journal of Virology
  115.     MGG - Molecular and General Genetics
  116.     Mammalian Genome
  117.     Microbial Releases
  118.     Molecular Microbiology
  119.     Molecular and Cellular Biology
  120.     Nucleic Acids Research
  121.     Photosynthetica
  122.     Plant Cell Reports
  123.     Planta
  124.     Protein Science
  125.     Roux's Archives of Developmental Biology
  126.     Theoretical and Applied Genetics
  127.  
  128.     The CONSLINK listserver mailing list keeps a large bibliography of
  129.     conservation biology research papers on its archive (see section 2.4.2,
  130.     Archives, for instructions on accessing listserver archives).
  131.  
  132.     The American Physiological Society offers TOCs for the following 
  133.     journals via gopher on gopher.uth.tmc.edu (port 3300):
  134.  
  135.        Advances in Physiology Education
  136.        American Journal of Physiology (6 consolidated journals)
  137.        Journal of Applied Physiology
  138.        Journal of Neurophysiology
  139.        News in Physiological Sciences
  140.        Physiological Reviews
  141.        The Physiologist
  142.  
  143.     Other publishers supporting Internet access to information about their
  144.     publications include
  145.  
  146.         Publisher            Address            Access
  147.         -------------------------------------------------------------- 
  148.     Addison-Wesley            world.std.com        ftp
  149.     O'Reilly & Associates         gopher.ora.com        gopher
  150.     Kluwer Academic Publishers    world.std.com        ftp
  151.  
  152.  
  153. -*- 3.2. Directories 
  154.  
  155.     Searchable directories of scientists and research projects currently
  156.     funded by the U.S. National Institutes of Health (NIH), National Science
  157.     Foundation (NSF), Department of Agriculture (USDA), and genome researchers
  158.     funded by several other departments, together with several topical 
  159. ||  directories, are available via gopher on gopher.gdb.org.  Searches on
  160.     researcher name, location, and field of interest are supported.
  161.  
  162.     A directory of 2000+ people who read the bionet.* newsgroups is available
  163.     via gopher and anonymous FTP from net.bio.net;  you can add yourself to
  164.     the directory via gopher or e-mail (see instructions on the archive).  
  165.     A directory of researchers using Artificial Intelligence in Molecular
  166.     Biology (AIMB) is maintained at the National Library of Medicine.  To
  167.     be included, send e-mail to Larry Hunter, hunter@work.nlm.nih.gov.
  168.  
  169.     Several directories of ecologists and plant biologists are kept on
  170.     huh.harvard.edu, which is accessible via gopher and anonymous FTP.
  171.     A directory of tropical biologists is kept in the Ecology and Evolution
  172.     section of the gopher/anonymous FTP archive on sunsite.unc.edu.
  173.     Richard Thorington keeps a list of mammalogists who use e-mail.  To get
  174.     yourself on the list (required to receive copies of it), send e-mail to
  175.     mnhvz049@SIVM (via Bitnet) or mnhvz049@SIVM.si.edu.
  176.  
  177.  
  178. -*- 3.3. Software
  179.  
  180.     Several archives specializing in software for biologists are accessible
  181.     via gopher and anonymous FTP.  Some of these are listed in section 3.5,
  182.     List of Archives.  The first such archive in South America is the 
  183.     Brazilian Medical Informatics archive, ccsun.unicamp.br.  The IUBio
  184.     archive on ftp.bio.indiana.edu probably has the best collection in the
  185.     United States.  Botanists will appreciate the TAXACOM archive on
  186.     huh.harvard.edu.
  187.  
  188.     Also, wuarchive.wustl.edu has an excellent collection of educational
  189.     software, especially for teaching mathematics at the college and
  190.     university levels.  The National Center for Supercomputing Applications
  191.     has developed a collection of outstanding software tools for electronic
  192.     communications and image analysis, and makes it publicly available on
  193.     zaphod.ncsa.uiuc.edu.  Many of the latest add-on tools for the popular
  194.     LaTeX text formatting system are archived on sun.soe.clarkson.edu,
  195.     while sumex-aim.stanford.edu has a huge archive of Macintosh software,
  196.     and nic.ddn.mil keeps the important Internet RFC (Request for Comments)
  197.     documents.
  198.  
  199.     Jan-Peter Frahm has made available via e-mail "A Guide to Botanical 
  200.     Software for MS-DOS Computers".  The software is shareware or in the
  201.     public domain.  For a copy, write him at hh216fr@duc220.uni-duisburg.de.
  202.     Bionet.software is a good place to look for information about specific
  203.     software programs with applications to biology.  There are many Usenet
  204.     groups devoted to discussion of software, particularly freeware and
  205.     shareware.  The well-known, huge anonymous FTP repositories of software
  206.     are all mentioned in various published guides to the Internet (Kehoe 1992,
  207.     Krol 1992, Lane and Summerhill 1992, LaQuey and Ryer 1992, Tennant et al.
  208.     1993), and are part of the common knowledge of many Usenet newsgroups. 
  209.  
  210.  
  211. -*- 3.4. Data
  212.  
  213.     The wealth of data available on the Internet is staggering, but it is also
  214.     widely dispersed and often difficult to track down.  Rather than compile a
  215.     list of data sets and pointers to their locations, this guide gives a list
  216.     of locations with only a name or phrase to suggest what data may be found
  217.     there (see section 3.5, List of Archives).  Many Usenet FAQs (see section
  218.     4, Useful and Important FAQs) and other Internet documents mentioned in
  219.     this guide attempt to list available databases, but many more are known
  220.     only by word-of-mouth.  The Usenet newsgroup sci.answers (also a mailing
  221.     list;  see section 2.4.3, Gateways to Usenet) carries many lists that are
  222.     updated frequently.
  223.  
  224.  
  225. -*- 3.4.1. Repositories
  226.  
  227.     Various genome and other cooperative projects are now well established on
  228.     the Internet, with large, highly organized databases that support ever more
  229.     powerful and complex interactive or batch search queries.  Most now support
  230.     WAIS and gopher search access, and are listed in section 3.5, List of
  231.     Archives.  The future utility of these repositories depends on the donation
  232.     of data by individual researchers.  Questions, as well as data submissions
  233.     and corrections, can be sent to the relevant administrators via e-mail
  234.     (after Garavelli 1992):
  235.  
  236.     Database                Address of administrator
  237.     --------                ------------------------
  238.     AAtDB (Arabidopsis thaliana)    curator@weeds.mgh.harvard.edu
  239.     ACEDB (Caenorhabditis elegans)    rd@mrc-lmba.cam.ac.uk and
  240.                         mieg@kaa.cnrs-mop.fr
  241.     Brookhaven                pdb@chm.chm.bnl.gov
  242.     DDBJ enquiries            ddbj@ddbj.nig.ac.jp
  243.          data submissions        ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp
  244.          updates, publication notices    ddbjupdt@ddbj.nig.ac.jp
  245.     EDEX and JARS (Forest Ecology)    goforest@gopher.yale.edu
  246.     EMBL problems, feedback        nethelp@embl-heidelberg.de
  247.      software submissions, queries    software@embl-heidelberg.de
  248.          Data Library enquiries        datalib@embl-heidelberg.de
  249.          Data Library submissions    datasubs@embl-heidelberg.de
  250.     FlyBase (Drosophila)        flybase@morgan.harvard.edu
  251.     Inst. of Forest Genetics DB (IFGDB) ifgdb@s27w007.pswfs.gov
  252. ||  GDB                    help@gdb.org
  253.     GenBank enquiries            info@ncbi.nlm.nih.gov
  254. ||    data submissions        gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
  255.     updates, publication notices    update@ncbi.nlm.nih.gov
  256. ||    Entrez questions        entrez@ncbi.nlm.nih.gov
  257. ||    BLAST Email server        blast@ncbi.nlm.nih.gov
  258. ||    RETRIEVE Email server        retrieve@ncbi.nlm.nih.gov
  259. ||    EST reports Email server    est_report@ncbi.nlm.nih.gov
  260.     Microbial Strains Data Net. (MSDN)  msdn@bdt.ftpt.br and msdn@phx.cam.ac.uk
  261.     NCBI                repository@ncbi.nlm.nih.gov
  262.     PIR                    fileserv@nbrf.georgetown.edu
  263.     SWISS-PROT                bairoch@cmu.unige.ch
  264.  
  265.     LiMB, the Listing of Molecular Biology databases (Keen et al. 1992)
  266.     describes most of these databases, and many more, including the names,
  267.     regular mail addresses and telephone numbers of their keepers.  To get
  268.     the current version of LiMB by e-mail, send the text "limb-data" to
  269.     bioserve@life.lanl.gov.  For information only, send "limb-info".  LiMB
  270.     is available in hardcopy or on floppy disk:  contact limb@life.lanl.gov. 
  271.  
  272.  
  273. -*- 3.4.2. Search Engines
  274.  
  275.  |  Help files can be obtained from any of the GenBank e-mail servers listed
  276.  |  in the previous section by sending the word "help" in the Subject line
  277.  |  or body of an e-mail message to the server in question.
  278.  
  279.     The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) supports various types
  280.     of searches via e-mail.  For more information, send the text "help" in
  281.     e-mail to any one of these servers:
  282.  
  283.     EMBL File Server        NetServ@EMBL-Heidelberg.DE
  284.         FASTA                FASTA@EMBL-Heidelberg.DE
  285.     Quicksearch             Quick@EMBL-Heidelberg.DE
  286.         Swiss-Prot MPsrch        Blitz@EMBL-Heidelberg.DE
  287.  
  288.     The BLOCKS database can be searched via e-mail.  For a help file, send
  289.     a blank e-mail message to blocks@howard.fhcrc.org, with the word "help"
  290.     in the Subject line.
  291.  
  292.  |  The GenMark e-mail sequence search engine was updated in the summer of
  293.  |  1993.  For instructions and new feature descriptions, send e-mail to
  294.  |  genmark@ford.gatech.edu with the word "instructions" in the Subject line
  295.  |  or body of the letter.  Or contact M. Borodovsky <mb56@prism.gatech.edu>
  296.  |  or J. McIninch <gt1619a@prism.gatech.edu>.
  297.  
  298.  |  See also Henikoff (1993).
  299.  
  300.     The Sequence Retrival System (SRS) program for VAX VMS computer systems
  301.     is available via anonymous FTP on the EMBnet node biomed.uio.no (Norway)
  302.     or genetics.upenn.edu (USA).
  303.  
  304.     Three U.S. herbaria now provide e-mail search support of:
  305.  
  306.     Type specimens of the mint family from the Harvard Herbaria,
  307.     comprising 1100 records.
  308.  
  309.     The complete herbarium catalog of Michigan State University,
  310.     Kellog Biological Station Herbarium, an NSF LTER site, consisting
  311.     of 6000 specimen records.
  312.  
  313.     The Flora of Mt. Kinabalu;  16,300 specimen records of all vascular
  314.     plant collections from the mountain.
  315.  
  316.     E-mail addresses for sending queries are:
  317.  
  318.           Harvard Mint Types:    herbdata@huh.harvard.edu
  319.           Kellogg Herbarium:     herbdata%kbs.decnet@clvax1.cl.msu.edu
  320.           Flora of Mt. Kinabalu: herbdata@herbarium.bpp.msu.edu
  321.  
  322.     Send the message "help" to receive a usage guide, and if you think
  323.     there might be difficulties with your return address, send that as
  324.     well by adding a line with the text "replyaddress=" followed by your
  325.     prefered e-mail address.
  326.  
  327.     Anyone who does a lot of field work will appreciate the Geographic Name
  328.     Server, which can provide the latitude and longitude, and the elevation
  329.     of most places in the United States:  all cities and counties are covered,
  330.     as well as some national parks and some geographical features (mountains,
  331.     rivers, lakes, etc.).  Telnet to martini.eecs.umich.edu, port 3000 (no
  332.     username needed) and type "help" for instructions.
  333.  
  334.  
  335. -*- 3.5. List of Archives
  336.  
  337.     Computer sites supporting some sort of public access, and of some
  338.     interest to biologists are listed here, together with means of access.
  339.  
  340.     e - e-mail file requests (see notes this section for e-mail addresses). 
  341.     E - e-mail search requests (see notes this section).
  342.     f - anonymous FTP (see section 3.6.3, Anonymous FTP by E-mail, if you
  343.     cannot use FTP).
  344.     g - gopher server
  345.     G - gopher server plus WAIS index searches
  346.     t - public telnet access
  347.     T - public telnet access plus e-mail returns of search results
  348.     W - WAIS server plus WAIS index searches
  349.  
  350.     Internet node name            Topic/Agency        Access method
  351.     -------------------------------------------------------------------------
  352.     ftp.bio.indiana.edu (IN USA)    IUBIO Genbank, FlyBase     fG
  353.     ncbi.nlm.nih.gov (MD USA)        NCBI             f
  354.     ftp.embl-heidelberg.de (Germany)    EMBL Data Library    Efg 
  355.     coli.polytechnique.fr (France)    EMBLnet              G
  356.     ftp.bchs.uh.edu (TX USA)        Genbank, PIR          fG
  357.     helix.nih.gov (MD USA)        Genbank, PDB, PIR etc.      G
  358.     ncifcrf.gov    (MD USA)        Biol. Information Theory f
  359.     finsun.csc.fi (Finland)        Prosite, Rebase-Enzyme      G
  360.     pdb.pdb.bnl.gov (NY USA)        Protein Data Bank      G
  361.     ftp.tigr.org            Inst. for Genomic Rsch.     f
  362.     golgi.harvard.edu (MA USA)                     f
  363.     megasun.bch.umontreal.ca        Molecular evolution      G
  364.     nic.funet.fi (Finland)
  365.     gopher.csc.fi (Finland)
  366.     nic.switch.ch (Switzerland)        EMBnet             fG W    [10]
  367.     rdp.life.uiuc.edu            Ribosomal DB Project     f
  368.  
  369.     world.std.com            A major entry-point     fG
  370.     sunsite.unc.edu (NC USA)        Many subjects         EfGt    [4]
  371.     gopher.ciesin.org            Earth Sciences          G
  372.     locus.nalusda.go (USA)        Nat. Agri. Library      G
  373.     s27w007.pswfs.gov (USA)        Forest Genetics          G
  374.     biomed.uio.no (Norway)        Genome data           T    
  375.     gopher.embnet.unibas.ch (Switzer.)
  376.     biox.embnet.unibas.ch (Switzerland)    Genome data          G
  377. ||  gopher.gdb.org (MD USA)        GDB Genome Data Bank      G
  378.     weeds.mgh.harvard.edu (MA USA)    Arabidopsis, C. elegans      G
  379.     mendel.agron.iastate.edu (IA USA)    Soy genome          G
  380.     greengenes.cit.cornell.edu (NY USA)    Triticeae genome      G
  381.     teosinte.agron.missouri.edu    (USA)    Maize genome          G
  382.     gopher.duke.edu (NC USA)        Chlamydomonas          G    [2]
  383.     picea.cfnr.colostate.edu (CO USA)                 f
  384.     poplar1.cfr.washington.edu (WA USA)    Populus genetics     f
  385.     esusda.gov (USA)            USDA Extension Service      G
  386.     infoserver.ciesin.org        CIESIN Global Change      G
  387.  
  388.     mobot.org (MO USA)            Missouri Bot. Garden     f
  389.     life.anu.edu.au (Australia)        Bioinformatics         fG
  390.     igc.org (CA USA)            EcoNet             f
  391.     gopher.yale.edu (CT USA)         Ecol. Data EXchange      g
  392.     lternet.edu (WA USA)        LTERnet              G
  393.     spider.ento.csiro.au (Australia)    Entomology         f
  394.     gopher.uth.tmc.edu (port 3300)      Physiology          G
  395.     envirolink.hss.cmu.edu (DE USA)    Environment          GT    [6]
  396.     ecosys.drdr.virginia.edu (VA USA)    Ecosystems          GT
  397.     sparc.ecology.uga.edu (GA USA)    Ecology, Coweeta LTER      G
  398.     ngdc1.ngdc.noaa.gov (USA)        Paleoclimatology     f    [1]
  399.     huh.harvard.edu (MA USA)        Harvard Univ. Herbaria     fG
  400.     simsc.si.edu (DC USA)        Smithsonian Inst.     f    [3]
  401.     ucmp1.berkeley.edu (CA USA)        Vertebrate museum      G
  402.     bdt.ftpt.br (Brazil)        Biodiversity         fG
  403.     coli.polytechnique.fr (France)    Molecular evolution      G
  404.     fconvx.ncifcrf.gov (MD USA)        Mathematical Biology     f
  405.     cheops.anu.edu.au            Radiocarbon Abstracts     fG W
  406.  
  407.     bluehen.ags.udel.edu (DE USA)    Entomology          G
  408.     minerva.forestry.umn.edu (MN USA)    Forestry          G
  409.     ucsbuxa.ucsb.edu (CA USA)        Biology              G
  410.     evolution.genetics.washington.edu    Evolution         f
  411.     evolution.bchs.uh.edu (TX USA)    Evolution         f
  412.  
  413.     martini.eecs.umich.edu (MI USA)    Geographic Name Server       t    [7]
  414.     wigeo.wu-wien.ac.at    (Austria)    Geography          G
  415.     geogopher.ucdavis.edu (CA USA)    Geology              G
  416.     isdres.er.usgs.gov (VA USA)        US Geological Survey     f
  417.     pippin.memst.edu            CERI Earthquake Center      G
  418.     cdiac.esd.ornl.gov            CDIAC             f
  419.     saturn.soils.umn.edu (MN USA)    Geology              G
  420.     kiawe.soest.hawaii.edu (HA USA)    Generic Mapping Tools     f
  421.     tycho.usno.navy.mil            U.S. Naval Observatory       t    [8]
  422.     nssdca.gsfc.nasa.gov        NSSDC On-Line Service       t    [9]
  423.  
  424.     granta.uchicago.edu (IL USA)     Physics Resources      G
  425.     xyz.lanl.gov (NM USA)        LANL Nonlinear Science       G
  426.     mentor.lanl.gov (NM USA)        LANL Physics           G
  427.     info.mcs.anl.gov (IL USA)        Argonne National Lab.     f
  428.  
  429.     stis.nsf.gov (DC USA)        Nat. Science Foundation     fG
  430.     rtfm.mit.edu (MA USA)        Usenet FAQ repository    ef    [5]
  431.     jse.stat.ncsu.edu (NC USA)        Journal of Stat. Educ.   fG
  432.     ftp.sas.com (NC USA)                SAS-related information  f
  433.     zaphod.ncsa.uiuc.edu (IN USA)    Supercomputing         f
  434.     lupulus.ssc.gov            Young Scientists Net.     f
  435.     ksuvxa.kent.edu            Directory of lists     f
  436.     sun.soe.clarkson.edu        LaTeX tools         f
  437.  
  438.     Notes:
  439.  
  440.     1:    info@mail.ngdc.noaa.gov;
  441.     2:    chlamy@acpub.duke.edu;
  442.     3:    david@simsc.si.edu;
  443.     4:    info@sunsite.unc.edu, telnet username "swais" for WAIS seaches,
  444.     telnet username "gopher" for plain gopher access;
  445.     5:    see section 3.6.2, Anonymous FTP, and section 3.6.3, Anonymous FTP
  446.     by E-mail;
  447.     6:    Telnet username "gopher", password "envirolink";
  448.     7:    Use port 3000, no username, "help" gets instructions;
  449.     8:    Telnet username "ads".
  450.     9:    Telnet username "nodis".
  451.     10:    Anonymous FTP from within Switzerland only.
  452.  
  453.  
  454. -*- 3.6. Access Tools
  455.  
  456.     All Internet tools share the quirk that they are actually three things: 
  457.     a "server" or "daemon" program that runs all the time on a host computer
  458.     and accepts requests to connect over the Internet, a "client" program that
  459.     people use to connect to or access these servers, and a standard protocol
  460.     that allows many different versions of clients and servers to talk to one
  461.     another without difficulty. 
  462.  
  463.     Most of the recently published books about the Internet describe these
  464.     tools in detail.  Kehoe (1992), the first to appear, was offered first
  465.     in a free electronic version over the Internet;  it is still available
  466.     from many anonymous FTP archives around the world, in a directory named
  467.     something like pub/zen/.  Krol (1992) has received excellent reviews. 
  468.     See the bibliography for other books. 
  469.  
  470.     A new item:  the EARN Association has published a Guide to Network 
  471.     Resource Tools (May 3, 1993), which is available via e-mail from 
  472.     listserv@EARNCC.bitnet, by sending the message "get nettools ps" for
  473.     a PostScript version or "get nettools memo" for a plain text version.
  474.     The guide covers almost every tool mentioned here, including example.
  475.  
  476.     A few host computers mentioned in this guide allow the public to telnet
  477.     to the host, and then use the host computer to access servers via gopher,
  478.     WAIS or the Web.  These arrangements are offered as a courtesy to those
  479.     people who do not have the necessary client software on their own
  480.     computers, and want to try these tools before going to the trouble of
  481.     installing the client software themselves.  Although licensing has been
  482.     discussed for some of these tools (namely, certain versions of gopher),
  483.     at present they are all free, and several are explicitly in the public
  484.     domain or carry free GNU licenses.
  485.  
  486.  
  487. -*- 3.6.1. Telnet
  488.  
  489.     Telnet allows someone using a computer with full Internet access to access
  490.     another computer over the Internet and login there, assuming he or she has
  491.     login privileges on that computer as well.  Anonymous telnet sessions are
  492.     generally not permitted, but occasionally usernames are created with
  493.     restricted privileges, for use by the Internet public.  Several of these
  494.     are listed in section 3.5, List of Archives, and in Yanoff (1993).
  495.  
  496.  
  497. -*- 3.6.2. Anonymous FTP
  498.  
  499.     FTP stands for file transfer protocol, and is the name of a program used
  500.     for file transfers between computers with full Internet access, assuming
  501.     you have privileges on both the local and remote computers.  Anonymous FTP
  502.     is a common practice whereby anyone on the Internet may transfer files from
  503.     (and sometimes to) a remote system with the userid "anonymous" and an
  504.     arbitrary password.  By convention, anonymous FTP users provide their
  505.     e-mail addresses when asked for a password.  This is useful to those
  506.     archive managers who must justify to their bosses the time spent providing
  507.     this free (but not cheap) service.  Some sites restrict when transfers may
  508.     be made from their archives, and most prefer that large transfers be made
  509.     only during off-hours (relative to that site).
  510.  
  511.     To receive a short guide to using anonymous FTP, send e-mail with the
  512.     text "help" to info@sunsite.unc.edu.
  513.  
  514.  
  515. -*- 3.6.3. Anonymous FTP by E-mail
  516.  
  517.     Bitnet does not support telnet or FTP sessions, but many Bitnet nodes are
  518.     also full Internet sites, and so do support telnet and FTP.  For those
  519.     who only have access to computers on Bitnet, Princeton University offers
  520.     a file transfer service by e-mail.  Bitftp@PUCC.bitnet will send a help
  521.     file in response to the message "help".  There is an identical server in
  522.     Germany:  Bitftp@DEARN from within Bitnet/EARN or bitftp@vm.gmd.de from
  523.     the Internet.  This server should be used only for FTP requests involving
  524.     transfers within Europe.  If you have neither full Internet access nor an
  525.     account on a Bitnet node, you can still get files from anonymous FTP
  526.     archives by e-mail courtesy of ftpmail@decwrl.dec.com, which will send
  527.     instructions in response to the word "help" followed by "quit" on separate
  528.     lines of an e-mail message.
  529.  
  530.     Also, you can retrieve formal Usenet FAQs via e-mail from the Usenet FAQ
  531.     repository, rtfm.mit.edu:  to get a help file, a list of all the FAQs
  532.     stored there, and the latest version of this guide, send e-mail to
  533.     mail-server@rtfm.mit.edu with the text
  534.  
  535.         help
  536.         index
  537.         send usenet/news.answers/biology/guide
  538.  
  539.  
  540. -*- 3.6.4. Gopher
  541.  
  542.     Gopher is a user-interface program that makes FTP and other types of
  543.     connections for computer users when they select an item in a menu.  It
  544.     is an easy way to get stuff off the Internet without having to know
  545.     where the stuff lives.  Gopher is free, and there are nice versions
  546.     for most types of computers, especially Unix workstations and Macs. 
  547.     It was invented at the University of Minnesota;  current versions can
  548.     be retrieved via anonymous FTP from boombox.micro.umn.edu.  The name
  549.     is a clever pun on the "go-for" person who runs errands for people,
  550.     and on the burrowing rodent, which pops down a "hole" in the Internet
  551.     and comes back up who-knows-where.  Bionet.general, bionet.software,
  552.     and bionet.users.addresses are good places to learn more about biology-
  553.     related gopher services.  Comp.infosystems.gopher is the newsgroup
  554.     for gopher-related issues in general.  The FAQ for this group is stored
  555.     on rtfm.mit.edu in the file pub/usenet/news.answers/gopher-faq.
  556.     There is an entire chapter on gopher in Krol (1992).
  557.  
  558.  
  559. -*- 3.6.5. Archie
  560.  
  561.     Archie helps people locate items (documents, software, etc.) in thousands
  562.     of anonymous FTP archives around the world.  Archie clients for many types
  563.     of computer, and documentation, can be retrieved via anonymous FTP from
  564.     any archie server (see below) in the /pub/archie/doc/ directory, or by
  565.     e-mail from archie-admin@ans.net.
  566.  
  567.     Archie can be used via e-mail, by sending e-mail with a list of commands
  568.     to archie@ans.net.  For details, send the command "help".  Due to the very
  569.     high demand for this service, requests should be made via e-mail or clients
  570.     rather than telnet-ing to an archie server.  Please try to use archie only
  571.     outside of working hours, make your query as specific as possible, and use
  572.     the archie server nearest you:  archie.au in Australia; archie.funet.fi in
  573.     Finland; archie.th-darmstadt.de in Germany; archie.doc.ic.ac.uk in Great
  574.     Britain; archie.cs.huji.ac.il in Israel; archie.kuis.kyoto-u.ac.jp and
  575.     archie.wide.ad.jp in Japan; archie.sogang.ac.kr in Korea; archie.nz in
  576.     New Zealand; archie.luth.se in Sweden; archie.ncu.edu.tw in Taiwan;
  577.     archie.ans.net, archie.rutgers.edu, archie.sura.net and archie.unl.net
  578.     in the United States.
  579.  
  580.  
  581. -*- 3.6.6. Veronica
  582.  
  583.     Veronica is a very easy rodent-oriented net-wide index to computerized
  584.     archives.  Veronica's name is a play on the concepts of both gopher and
  585.     archie.  (Remember the comic book couple Archie and Veronica?  Veronica
  586.     does for gopher what archie does for anonymous FTP.)  Veronica searches
  587.     through hundreds of gopher holes looking for anything that matches a
  588.     keyword supplied by the user, and assembles a list of gopher servers that
  589.     contain items of interest.  Note:  veronica checks *titles* of gopher
  590.     items only, not their contents.
  591.  
  592.     There is a veronica database specifically for biology resources in the
  593. ||  gopher server on gopher.gdb.org, under menu item "Search Databases
  594.     at Hopkins...".  Its name is BOING, or Bio Oriented INternet Gophers.
  595.  
  596.     At present, there are no veronica clients;  veronica is a gopher tool.
  597.     An informal veronica FAQ is posted regularly in comp.infosystems.gopher
  598.     and archived on veronica.scs.unr.edu as veronica/veronica-faq.
  599.  
  600.  
  601. -*- 3.6.7. Wide Area Information Servers (WAIS)
  602.  
  603.     The idea behind WAIS is to make anonymous FTP archives more accessible
  604.     by indexing their contents for easy searching and browsing.  The client's
  605.     user interface is simple, but the concept is so powerful that nearly
  606.     everyone with an anonymous FTP archive has spent part of 1992 and 1993
  607.     building WAIS indices of all available material (software, data, documents
  608.     and other information).  In the course of all this effort an enormous
  609.     amount of information that has been available for years or even decades
  610.     has suddenly become publicly available for the first time all in the past
  611.     year.  WAIS servers are often used as back-end engines for gopher servers.
  612.     Gopher archives are built by hand, but WAIS bundles and organizes related
  613.     items automatically, and thus greatly extends the functionality of gopher.
  614.  
  615.     Good WAIS client programs for the Mac (WAIStation) and PC (PCWAIS) are
  616.     available on the anonymous FTP archive at think.com.  If your computer
  617.     has full Internet access, you can try out WAIS on a Unix system, courtesy
  618.     of Thinking Machines Corp., by telnetting to quake.think.com.  Use the
  619.     username "wais" and give your e-mail address as the password.  See the
  620.     newsgroup comp.infosystems.wais for more details, or see the WAIS FAQ
  621.     (section 4, Useful and Important FAQs).
  622.  
  623.  
  624. -*- 3.6.8. World-Wide Web (WWW)
  625.  
  626.     WWW is yet another tool for gathering useful information from the Internet.
  627.     It was invented at the European Particle Physics Laboratory (CERN),
  628.     Switzerland.  WWW looks like a document that users can open and read, but
  629.     selecting certain words via mouse or keyboard causes other documents to be
  630.     retrieved and opened for inspection.  The most powerful aspect of WWW at
  631.     present is the ease with which seamless, attractive on-line documentation
  632.     can be created, that is easy to find and browse, no matter where on the
  633.     Internet the actual documents are.  You can try WWW, courtesy of CERN: 
  634.     telnet to info.cern.ch (no username needed). 
  635.  
  636. -- 
  637.     Una Smith
  638.  
  639. Yale University, Department of Biology, Osborn Memorial Laboratories,
  640. PO Box 6666, New Haven, Connecticut  06511-8155     smith-una@yale.edu
  641.