home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ RISC DISC 2 / RISC_DISC_2.iso / commercial / sserc / MODLLRInfo < prev    next >
Text File  |  1994-11-23  |  14KB  |  311 lines
  1. SSERC CHEMICAL MODELLER
  2. -----------------------
  3.  
  4. Arc-Chemmod is a molecular modelling software package for all Acorn
  5. Archimedes computers including the A3000, A3020, A4000 and A5000 machines.
  6. The only requirements are that 2Mbytes of  RAM must be installed and the
  7. machine has a Riscos operating system. The program runs in mode 15 on a
  8. standard monitor and benefits considerably from the presence of an Arm3
  9. cached processor. Those with multi-sync monitors where mode switching is not
  10. automatic may need to adjust the manual height controls for the optimum
  11. screen display.
  12.  
  13.  The program  allows building, displaying, manipulating and measuring of
  14. molecular models and includes molecular mechanics routines for minimising
  15. the steric energies of small to medium sized molecules. Several molecular
  16. structures can be displayed and manipulated at the same time. In this
  17. release of Arc-Chemmod, the total number of atoms displayable is limited to
  18. 500. The atom limit for energy minimsation is set at 100, as larger
  19. structures minimise very slowly for machines lacking arithmetic coprocessor
  20. hardware.
  21.  
  22.  The software is extremely easy to set up and use, with the mouse or
  23. trackerball allowing quick, unambiguous interaction with the graphics
  24. display. Structures can be displayed as coloured stick models, as simple
  25. space-filling models with covalent radii, as ball and stick models, as Van
  26. der Waals surface space-filling models or as dot-surface models with
  27. covalent radii. Stick and simple space-filled models can also be displayed
  28. as red-green stereo images. Most manipulations are generally carried out on
  29. the stick models as they are the quickest to redraw, but rotations and
  30. translations can be carried out on the simple space-filling representation.
  31. Atoms may be simply identified by their colours, with the default settings :
  32.  
  33. Carbon - green
  34. Nitrogen - blue
  35. Oxygen - red
  36. Halogens - yellow 
  37. Hydrogen - white
  38. Sulphur - magenta
  39. Phosphorus - magenta
  40. Metals - cyan
  41.  
  42.  The colour of any atom or molecule can be simply changed at will.
  43. Structures, together with colour detail, can be saved to disc for future
  44. work and the program includes comprehensive hard-copy facilities. Structures
  45. can also be saved as Drawfiles or sprites for further manipulation outwith
  46. the Arc-Chemmod package.
  47.  
  48.  If a set of structural coordinates is known e.g. from a crystal structure
  49. analysis, this may be entered directly from the keyboard using the Create
  50. New File utility.
  51.  
  52. CONTENTS OF MANUAL
  53. ------------------
  54.  
  55. 1. Introduction to Arc-Chemmod
  56.  
  57.  
  58. 2. Installation  
  59.  
  60.         Make a backup 
  61.         What is in the disc?  
  62.         Floppy-disc-only 
  63.         Printing & printers 
  64.         Directories     
  65.  
  66.  
  67. 3. Starting up : Main Menu                   
  68.         
  69.         Getting started 
  70.         Initialisation screen  
  71.         OS Command    
  72.         Exit   
  73.         Use any mouse button 
  74.         Atom selection 
  75.         
  76.  
  77. 4. Files Menu              
  78.  
  79.         Get File      
  80.         Save File      
  81.         Delete File     
  82.         Create New File 
  83.         Make Directory  
  84.         Single/Multiple Mode    
  85.         Reset System   
  86.         Main Menu      
  87.  
  88.  
  89. 5. Build or Edit Structures Menu     
  90.                         
  91.         Quick  
  92.         Ring   
  93.         Copy    
  94.         Fragment       
  95.         Add Atom 
  96.         Add H's
  97.         Torsion
  98.         Join  
  99.         Close  
  100.         Remove 
  101.         Change  
  102.         Manip/Spacefill/Main   
  103.  
  104.  
  105. 6. Manipulate Structures Menu   
  106.                 
  107.         Rotate  
  108.         Translate 
  109.         Dock Off/On
  110.         Zoom 
  111.         Close Up   
  112.         Z Clip Off/On 
  113.         Arb Rotate
  114.         Best View  
  115.         View Perp 
  116.         Rock  
  117.         Names   
  118.         Cue Off/On  
  119.         Hydrogens    
  120.         Geometry      
  121.         Reset  
  122.         Build/Spacefill/Main 
  123.  
  124.  
  125. 7. Space-Filling Displays Menu   
  126.         
  127.         Spacefill     
  128.         Dot Surface  
  129.         VDW-Ball&St  
  130.         Stereo View
  131.         S Impose 
  132.         Colour 
  133.         Rammap 
  134.         Hardcopy   
  135.         Calc Charge  
  136.         Show Charge  
  137.         St Congest  
  138.         Dihedrl Ang   
  139.         Build/Manip/Main 
  140.  
  141.  
  142. 8. Energy Minimisation       
  143.         
  144.         Operation      
  145.         Energy Terms  
  146.  
  147.         
  148. 9. Appendices 
  149.         
  150. Appendix I      Arc-Chemmod file format.
  151.  
  152. Appendix II     Structures supplied in directory MOLS.
  153.  
  154. Appendix III    References and further reading.
  155.  
  156. Appendix IV     Molecules so far 
  157.                 & Installing Molecules Update Disc
  158.  
  159.  
  160. MOLECULES AVAILABLE SO FAR
  161. ---------------------------
  162.  
  163. 22DiMPentn - 2,2-dimethylpentane - MYMOLS1 
  164. 23DIBRBU - 2,3-dibromobutane - MYMOLS2 
  165. 246triNiPh - 2,4,6-trinitrophenol picric strong acid nitrate phenol explosives dyes yellow - MYMOLS1 
  166. 24diniPhHy - 2,4-dinitrophenylhydrazine CSYS-C3 aldehyde ketone reaction - MYMOLS1 
  167. 2Br2MProp - 2-bromo-2-methylpropane alkyl halide CSYS-G2 hydrolysis reaction kinetics interfacing - MYMOLS1 
  168. 2chloropro - 2-chloropropane isopropyl chloride - MYMOLS1 
  169. 2M2BRPRO - MYMOLS2 
  170. 2MProp2ol - 2-methyl propan-2-ol tert-butyl alcohol - MYMOLS1 
  171. acet24dNPH - 2,4-dinitrophenylhydrazone CSYS-C3 yellow solid product osazone - MYMOLS1 
  172. acetone - propanone CH3COCH3 acetone solvent CSYS-C3 CSYS-E3 CSYS-G4 - MYMOLS1 
  173. ADAMANTANE - Adamantane Tricyclo[3.3.1.03,7]decane C10H18 - MYMOLS3 
  174. ALANINE - amino acid aminopropionic acid ammonolysis - MOLS 
  175. ALBENSUL - 4,6,8-trimethyl-2-parasulphonylphenylnonane - MYMOLS2 
  176. ALKANES1-5 - homologous series 1-5 C - MYMOLS1 
  177. AMINOMETHN - aminomethane aminoalkane methylamine primary amine - MYMOLS1 
  178. AMMONIA - Haber gas nitrogen hydrogen nappies cleaner NH3 refrigerant fertilizer nitrogen cycle - MOLS 
  179. AMPROP - aminopropane - MYMOLS2 
  180. ANILINE - aniline C6H5NH2 phenylamine aminobenzene manufacture of dyestuffs pharmaceuticals plastics - MYMOLS2 
  181. ANTHRACENE - anthracene C14H10 aromatic dyestuffs raw material polycyclic hydrocarbon carcinogen - RING 
  182. BC222OCT - Bicyclo[2.2.2]octane C8H14 - MYMOLS3 
  183. BDNA - DNA BDNA deoxyribose nucleic acid genetics double-helix sugar-phosphate - MOLS 
  184. benzaldhyd - benzaldehyde benzenecarbaldehyde oil bitter almonds flavouring agent CSYS-E - MYMOLS1 
  185. BENZENE - benzene C6 H6 simplest aromatic hydrocarbon carcinogen liquid Kekule benzol - RING 
  186. BENZOFURAN - benzofuran - RING 
  187. BENZOIC - benzoic acid benzenecarboxylic fruit preservative  C6H5COOH - MYMOLS1 
  188. BENZSULP - benzene sulphonic acid sulphonation dyestuff intermediate - MYMOLS1 
  189. BenzylOH - phenylmethanol benzyl hydroxide primary alcohol tertiary characteristics - MYMOLS1 
  190. Bromomethn - bromomethane haloalkane homolytic fission UV - MYMOLS1 
  191. But-1-ene - but-1-ene n-butene alkene hydrocarbon gas - MYMOLS1 
  192. But-2-ene - alkene hydrocarbon C4H8 - MYMOLS2 
  193. BUTAN1OL - Butan-1-ol butyl alcohol used to make butanal - MYMOLS2 
  194. BUTANAL - butyraldehyde CH3CH2CH2CHO catalytic dehydrogenation of butan-1-ol - MYMOLS2 
  195. Butane - gas camping-gas alkane normal hydrocarbon fuel paraffin C4H10 LPG - MOLS 
  196. Butanone - methyl ethyl ketone 2-butanone used as solvent in surface-coating industry dehydration of butan-2-ol
  197. BUTANONE - MYMOLS2 
  198. C-Decalin - cis-decalin decalin stereoisomer C10H18 decahydro-napthalene - RING 
  199. CARBODIOX - carbon dioxide CO2 fire extinguisher gas photosynthesis exhaled breath refrigerant - MOLS 
  200. C-HEXANE-B - cyclohexane boat conformation C6H11 - RING 
  201. C-HEXANE-C - cyclohexane chair conformation C6H11 - RING 
  202. C-PROPANE - FF9 cyclopropane C3H6 very reactive - RING 
  203. CarbonTet - carbon tetrachloride tetrachloromethane CCl4 toxic solvent - MYMOLS1 
  204. Carvone - carvone unsaturated ketone terpene caraway seed spearmint oil optically active isomers chewing gum - MYMOLS1 
  205. CBUTANE - cyclo-Butane C4H8 - MYMOLS3 
  206. CBUTENE - cycloButene C4H6 - MYMOLS3 
  207. CCC8H14 - cis-Cyclooctene C8H14 - MYMOLS3 
  208. cccC8H12 - cis,cis-cycloocta-1,5-diene C8H12 - MYMOLS3 
  209. CHEPTANE - c-HEPTANE C7H14 - MYMOLS3 
  210. chlorbenz - chlorobenzene aryl halide - MYMOLS1 
  211. CHLORETH - chloroethane alkyl halide - MYMOLS2  
  212. CINNALDE - cinnamaldehyde 3-phenylpropenal aromatic oil cinnamon cassia - MYMOLS2 
  213. CLONIDIN - clonidine soap shaving - MOLS 
  214. COCTANE2 - cycloOctane Conf 1 - MYMOLS3 
  215. COCTANE22 - cycloOctane Conf 2 - MYMOLS3 
  216. CPENTANE - cycloPentane C5H10 - MYMOLS3 
  217. CPENTENE - cycloPentene  C5H8 - MYMOLS3 
  218. CSIXTY -  C60 carbon allotrope buckminsterfullerene buckyball - MOLS 
  219. ctcC8H12 - cis,trans-cycloocta-1,5-diene C8H12 - MYMOLS3 
  220. CUMENE - isopropylbenzene synthesis of phenol - MYMOLS2 
  221. CUMPEROX - Peroxycumene - MYMOLS2 
  222. DDBENSUL - dodecylbenzeneparasulphonate - MYMOLS2 
  223. Decane - decane C10H22 alkane liquid - MYMOLS1 
  224. detergent - detergent 1,3,5,7-tetramethyl-1-(para-sodium sulphonyl)phenyloctane cleaning - MYMOLS1 
  225. DIAMOND - diamond carbon allotrope gem hard cuts crystal - MOLS 
  226. DiBrethene - 1,2-dibromoethene petrol additive - MYMOLS1 
  227. Dichlmethn - dichloromethane CH2Cl2 methylene dichloride solvent - MYMOLS1 
  228. Ester - methyl ethanoate ester acetate sweet smell
  229. ESTER- ethyl ethanoate ester acetate fruity smell lacquer  - MOLS 
  230. ETHANAL - ethanal acetaldehyde aldehyde CH3CHO oxidation ethanol organic synthesis - MYMOLS1 
  231. Ethandiol - ethane-1,2-diol ethylene glycol antifreeze - MYMOLS1 
  232. ETHANE - ethane gas C2H6 alkane hydrocarbon paraffin - MOLS 
  233. Ethanitr - Ethane nitrile - MYMOLS2 
  234. ETHANOIC - ethanoic acid alkanoic carboxylic vinegar acetic CH3COOH - MOLS 
  235. ETHANOL - ethanol ethyl alcohol booze drink wine beer spirits fermentation sugar C2H5OH - MOLS 
  236. ETHBENZ - Ethylbenzene - MYMOLS2 
  237. Ethchlor - ethanoyl chloride acetyl CH3 COCl organic synthesis acetylating agent - MYMOLS1 
  238. ETHDIOL - Ethan-1,2-diol - MYMOLS2 
  239. ETHENE - ethene ethylene alkene gas crack petroleum plastics polymer polythene ripens fruit C2H4 - MOLS 
  240. Ether - diethyl ether alkoxyalkane anaesthetic solvent (C2H5)2O sweet smell - MYMOLS1 
  241. ETHIODID - Ethyl iodide - MYMOLS2 
  242. ETHOYLCH - Ethanoyl chloride - MYMOLS2 
  243. ETHYNE - ethyne C2H2 alkyne hydrocarbon welding oxy-acetylene calcium carbide water Reppe synthesis - MOLS 
  244. FAT - fat oil triglyceride fatty acids - MOLS 
  245. Freon11 - freon11 trichlorofluoromethane CCl3F extinguisher refrigerant aerosol - MYMOLS1 
  246. Freon12 - freon12 dichlorodifluoromethane CCl2F2 extinguisher refrigerant aerosol - MYMOLS1 
  247. FRUCTOSE - fructose fruit sugar juice laevulose pyranose furanose C6H12O6 reducing monosaccharide - MOLS 
  248. FURAN - furan C4H4O heterocyclic - RING 
  249. GLUCOSE - glucose aldohexose grape sugar dextrose C6H12O6 energy monosaccharide - MOLS 
  250. GLYCEROL - glycerine trihydric alcohol propan-1,2,3-triol hydrolyse fat oils explosive nitroglycerine - MOLS 
  251. GRAPHITE - carbon allotrope plumbago black lead pencil soft electrical brushes lubricant crystal - MOLS 
  252. HALOTHANE - halothane 1-chloro-1-bromo-2,2,2-trifluoroethane anaesthetic - MYMOLS1 
  253. HEPTANE - heptane alkane C7H16 liquid petroleum - MYMOLS1 
  254. HEX1ENE - hexene alkene C6H12 - MYMOLS2
  255. HEX1YNE - hexyne alkyne - MYMOLS2  
  256. HEXANE - hexane alkane liquid petroleum C6H14 hydrocarbon - MOLS 
  257. I-QUINOLIN - iso quinoline heterocyclic coal-tar Skraup's synthesis - RING 
  258. IMIDAZOLIN - imidazoline heterocyclic glyoxalin - RING 
  259. INDOLE - indole C8H7N benzpyrrole basis indigo molecule - RING 
  260. IODOMETH - Methyl iodide - MYMOLS2 
  261. Ipropanone - 2-iodopropanone CSYS-G4 - MYMOLS1 
  262. KCL - potassium chloride salt crystal extracted Dead Sea - MOLS 
  263. MALTOSE - MOLS 
  264. MeCHEXax - Methylcyclohexane axial C7H14 - MYMOLS3 
  265. MeCHEXeq - Methylcyclohexane equatorial C7H14 - MYMOLS3 
  266. METHANE - methane alkane North Sea gas firedamp marsh CH4 - MOLS 
  267. METHANOL - methanol methyl alcohol CH3OH liquid destructive distillation wood - MOLS 
  268. Methoxeth - methoxyethane - MYMOLS1 
  269. monchloret - monochloroethane - MYMOLS1 
  270. NACL - salt common rock halite crystal face-centred sea NaCl - MOLS 
  271. NAPHTHALEN - napthalene C10H8 2 benzene rings dystuffs manufacture - RING 
  272. Nitrobenz - nitrobenzene C6H5NO2 yellow liquid bitter almonds reduced to aniline - MYMOLS1 
  273. NITROGDIOX - nitrogen dioxide - MOLS 
  274. NONANE - nonane C9H20 alkane - MYMOLS1 
  275. OCTANE - octane alkane C8H18 petroleum hydrocarbon petrol - MOLS 
  276. PALMACID - palmitic acid C15H31COOH fatty tripalmitin solid - MOLS 
  277. Pent-1-ene - pentene C5H10 alkene - MYMOLS1 
  278. PENTANE - pentane C5 H12 alkane paraffin liquid - MYMOLS1 
  279. PENTANE2 - MYMOLS1 
  280. PEPTIDE - peptide dialanine amino acid linkage amide  - MOLS 
  281. PHENANTHRN - phenanthrene C14H10 in coal-tar Pschorr Synthesis - RING 
  282. Phenol - phenol hydroxybenzene carbolic acid disinfectant- MYMOLS1
  283. PHMETHOL - Phenylmethanol - MYMOLS2 
  284. PIPERIDINE - piperidine C5H11N heterocyclic from pyridine basic - RING 
  285. Pracetate - propyl ethanoate ester acetate - MYMOLS1
  286. Propan1ol - propan-1-ol - MYMOLS1 
  287. propan2ol - propan-2-ol iso-propyl alcohol C3H7OH - MYMOLS1 
  288. PROPANE  - propane gas camping alkane hydrocarbon C3H8 LPG - MOLS 
  289. PROPANOIC - propanoic propionic monobasic fatty acid alkanoic carboxylic C2H5COOH - MOLS 
  290. PROPCHLO - 2-chloropropane - MYMOLS2 
  291. PROPENE - propene C3H6 alkene hydrocarbon propylene plastics polymerisation - MOLS 
  292. PROPYNE - propyne allylene methyl acetylene alkyne C3H4 - MOLS 
  293. PYRENE - RING 
  294. PYRIDINE - C5H5N heterocyclic coal-tar distillation fraction resists oxidation - RING 
  295. PYRROLE -  C4H5N heterocyclic coal-tar distillation fraction chlorophyll hemoglobin are derivatives - RING 
  296. QUINOLINE - heterocyclic pyridine benzene ring fused coal-tar distillation fraction C9H7N Skraup synthesis - RING 
  297. STYRENE - styrene phenylethene C6H5CHCH2 polymerisation to polystyrene - MYMOLS2 
  298. SUCROSE - sucrose sugar cane beet disaccharide C12H22O11 saccharobiose carbohydrate  - MOLS 
  299. SULPHRDIOX - sulphur dioxide sulphur(IV) gas toxic sulphurous acid soluble water SO2 - MOLS 
  300. T-DECALIN - TRANS DECALIN - RING 
  301. tBuCHEX - t-Butylcyclohexane equatorial C10H20 - MYMOLS3 
  302. TBUTBENZ - 2-methyl-2-phenylpropane t-butyl benzene - MYMOLS2 
  303. tcC8H14 - trans-cyclooctene C8H14 - MYMOLS3 
  304. TETBRETH - Tetrabromoethane - MYMOLS2 
  305. THFC4H8O - Tetrahydrofuran C4H8O - MYMOLS3 
  306. THIOPHENE - heterocyclic C4H4S coal-tar distillation fraction found in untreated benzene - RING 
  307. TNT - trinitrotoluene explosive - MYMOLS2 
  308. TOLUENE - MYMOLS2 
  309. VANILLIN - 3-methoxy-4-hydroxy-benzene carbaldehyde found in vanilla pods - MYMOLS2 
  310. WATER water H2O - MOLS MOLECULES AVAILABLE SO FAR
  311.