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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / AB2_TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  5KB  |  124 lines
  1. This document has the following sections:
  2.  
  3. INSTALLATION OF RASWIN SCRIPT
  4. OPERATION OF SCRIPT
  5. SCRIPT SPEED/PACING/TIMING
  6. SCRIPT REVISION HISTORY
  7.  
  8. - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
  9. INSTALLATION OF RASWIN SCRIPT
  10.  
  11. Each script consists of a top level script plus many
  12. subscripts and some PDB files.  It is therefore
  13. advisable to install each script in a separate
  14. subdirectory. For example, assuming you have installed
  15. the RasWin program files in C:\RASWIN, the script ANTIBOD2.TOP
  16. could be installed in C:\RASWIN\ANTIBOD2.
  17.  
  18. To do this, copy the packed file AB2ZIP.EXE into the
  19. desired subdirectory, and then run it as a DOS program
  20. at the DOS prompt (which will unpack it).
  21.  
  22. Now run Windows.  In Windows, with the RasWin icon
  23. selected, select File, Preferences, and change the
  24. Working Directory to the one containing the unpacked
  25. script files.  (If you want access to RasWin's built-in
  26. help, you must also copy RASWIN.HLP into the working
  27. directory.)
  28.  
  29. If you have several scripts, you may wish to create a
  30. separate RasWin icon for each.  This would enable you
  31. to change scripts smoothly during a lecture, without
  32. changing the working directory.  With the RasWin icon
  33. highlighted, select File, Copy.  Now use File,
  34. Properties to change the working directory to the one
  35. for the script, and the Description (which will appear
  36. under the icon) to the script name.  Thus you will end
  37. up with a script-name-labeled RasWin icon for each
  38. script.
  39.  
  40. If you wish, you can even configure the Properties to
  41. run the script automatically when the icon is
  42. double-clicked.  To do this, put '-script antibod2.top'
  43. after RASWIN.EXE in the Command Line slot of the
  44. Properties box.  [WARNING: there is a bug in RasWin
  45. beta 2.6. Scripts started in this way terminate at the
  46. first pause, returning the RasMol> prompt.  Therefore,
  47. scripts will have to be run manually, with a 'script
  48. antibod2.top' command in the command window, until this is
  49. fixed.]
  50.  
  51. OPERATION OF SCRIPT
  52.  
  53. ANTIBOD2.TOP is the top-level script. Start it by typing
  54. 'script antibod2.top' in the RasWin command line window,
  55. then pressing Enter.
  56.  
  57. This script has frequent pauses.  Press the spacebar to
  58. continue.  During the initial portion of the script,
  59. prior to the display of the F(ab')2, you are encouraged
  60. to rotate each image with the mouse before proceeding.
  61. Once the F(ab')2 appears, it is best not to rotate the
  62. image manually as subsequent views make assumptions
  63. about the previous orientation of the molecule.  After
  64. the all-magenta representation of lysozyme appears, it
  65. is OK to rotate manually again, as the 'discontinuous'
  66. and 'flat' views of the lysozyme epitope are
  67. re-oriented properly by the script.  If you are
  68. projecting this script in a lecture, it is best to do a
  69. practice run without manual rotation (so you can see
  70. the intended views), then re-run the script and try
  71. rotating images.  By such practice runs you can
  72. optimize your rotation strategy.
  73.  
  74. If you need a shorter script for a lecture, sections
  75. can be omitted by editing the file ANTIBOD2.TOP. You
  76. can run each .SCR file manually (e.g. 'script
  77. igdomain.scr') to see what it does. Insert '#' at the
  78. beginning of each script line you wish to omit (this
  79. converts it to a comment).
  80.  
  81. SCRIPT SPEED/PACING/TIMING
  82.  
  83. RasWin32 beta 2.6 (the 32 bit program) is several times
  84. faster than RasWin 2.6 (the 16 bit program).  To run
  85. RASWIN32 you may need a Windows accessory package which
  86. is provided free by MicroSoft.  For details see:
  87.  
  88. http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm
  89.  
  90. Script execution speed is affected by the speed of your
  91. computer, the speed of your graphics card, the screen
  92. resolution, and the size of the RasWin graphics window. 
  93. Starting with a full-screen graphics window, you can
  94. speed up execution by reducing the resolution from
  95. 1024 x 768 to 800 x 600 to 640 x 480 pixels.  This is
  96. usually done with a SetRes (or related) icon in the
  97. Windows Control Panel.  Further increases in speed can
  98. be obtained by reducing the size of the graphics window
  99. (to less than full-screen).  Quick previewing of scripts
  100. can be done very quickly in a tiny graphics window.
  101.  
  102. REVISIONS OF SCRIPT
  103.  
  104. 1/29/96: (ANTIBODY.TOP, the original version which
  105. preceded ANTIBOD2.TOP.)  To work around a bug
  106. identified by Roger Sayle, reduced ssbonds commands in
  107. S-S.SCR and IGG1-A.SCR from 300 to 200. This should
  108. prevent the 'Unhandled exception' crash observed by
  109. several people.  If anyone still experiences this
  110. problem, try reducing the 200's to 150's.
  111.  
  112. 3/3/96: Completed revisions and released ANTIBOD2.
  113. This revision includes the whole IgG1 molecule
  114. structure provided by Eduardo Padlan, and shows
  115. the carbohydrates and their linkages to the protein.
  116. Additional small rotations were inserted at frequent
  117. points; thus, manual rotation is less necessary
  118. during lecture projections.  This version is likely
  119. to be too slow with the 16-bit version of RasWin;
  120. use the 32-bit version!
  121.  
  122. -Eric Martz
  123. emartz@microbio.umass.edu
  124.