home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / IGG-FAB2_S < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  2KB  |  80 lines
  1. #PUT UP A SOLID GREEN IGG1
  2. zap
  3. script igg1-a.scr
  4. color green
  5. spacefill
  6. script clrleg.scr
  7. echo Figure 3-7 (p. 46, Abbas, 2nd ed) shows whole IgG molecules.
  8. echo Here is an Fab dimer, an antibody missing its Fc arm.
  9. echo An antigen sees a solid surface like this, but also
  10. echo sees opportunities for hydrogen bonding, charges,
  11. echo and hydrophobic patches.
  12. pause
  13.  
  14. #ZOOM DOWN TO ALLOW FASTER ROTATION
  15. zoom 80
  16. echo
  17. echo This is a good size for faster rotation.
  18. script wave.scr
  19. pause
  20.  
  21. #COLOR THE CHAINS NICELY
  22. color chain
  23. select :l
  24. color cyan
  25. select :h
  26. color orange
  27. select all
  28. script clrleg.scr
  29. echo Light chains are light colors, heavy chains, dark.
  30. echo (Rotate at this size.)
  31. script wave.scr
  32. pause
  33.  
  34. #ZOOM UP
  35. zoom 185
  36. script clrleg.scr
  37. echo Here are the chains separately colored, full-screen size again.
  38. pause
  39.  
  40. #STICKS
  41. spacefill off
  42. backbone off
  43. wireframe 0.15
  44. script clrleg.scr
  45. echo The STICK or WIREFRAME display has too much detail.
  46. echo The S-S bonds are buried in the molecule.
  47. pause
  48.  
  49. #RIBBONS
  50. wireframe off
  51. ribbons on
  52. script clrleg.scr
  53. echo This CARTOON or RIBBON display emphasizes the immuno-
  54. echo globluin (Ig) domains, 4 constant and 4 variable.
  55. pause
  56.  
  57. #SHOW THE BACKBONE AND DISULFIDES
  58. ribbons off
  59. backbone 0.3
  60. script clrleg.scr
  61. echo The BACKBONE representation also shows the structure
  62. echo clearly, and allows much faster rotation.
  63. script wave.scr
  64. pause
  65.  
  66. #ZOOM IN ON THE HINGE REGION
  67. script igg1pose.scr
  68. translate y -50
  69. zoom 500
  70. script clrleg.scr
  71. echo Two S-S bonds link the heavy chains at the hinge.
  72. echo Each light chain is linked to its heavy chain with
  73. echo .  an S-S bond.
  74. script wave1.scr
  75. pause
  76.  
  77. script igg1pose.scr
  78. zoom 100
  79. pause
  80.