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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / S-S_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  890b  |  50 lines
  1. zap
  2. load "s-s.pdb"
  3. wireframe off
  4. rotate z 86
  5. rotate y 10
  6. rotate x -149
  7. select :h and backbone
  8. wireframe 0.15
  9. select :h and cys
  10. wireframe 0.3
  11. zoom 180
  12. script clrleg.scr
  13. echo Here is a CYSTEINE in the middle of a pentapeptide.
  14. pause
  15.  
  16. select backbone
  17. wireframe 0.15
  18. select cys
  19. wireframe 0.3
  20. echo Cysteine on an adjacent chain provides an opportunity ...
  21. script wave.scr
  22. pause
  23.  
  24. ssbonds on
  25. color ssbonds yellow
  26. echo ...for the formation of a DISULFIDE bond, CYSTINE.
  27. script wave.scr
  28. pause
  29.  
  30. select all
  31. backbone 80
  32. color backbone green
  33. pause
  34.  
  35. wireframe off
  36. pause
  37.  
  38. ssbonds 200
  39. echo
  40. echo The bond actually connects the sulfurs.
  41. echo But in a backbone representation, this fails to show
  42. echo which amino acids are linked by the S-S bond.
  43. pause
  44.  
  45. set ssbonds backbone
  46. echo
  47. echo So, RasMol can show the bond linking the backbones.
  48. script wave.scr
  49. pause
  50.