home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / hemoglob / !Hemoglob / HB-ALPH2_S < prev    next >
Text File  |  1996-02-25  |  2KB  |  83 lines
  1. zap
  2. load "1hho.pdb" #to reset palette, since group coloring hogged all colors
  3. wireframe off
  4.  
  5. restrict 99-117:b
  6. cartoon
  7. color green
  8. zoom 150
  9. center selected
  10. script clrleg.scr
  11. echo HERE IS A SINGLE ALPHA HELIX.
  12. pause
  13.  
  14. cartoon off
  15. backbone 0.3
  16. zoom 500
  17. rotate z -10
  18. translate y 25
  19. echo THE BACKBONE REPRESENTATION CONNECTS ALPHA CARBON POSITIONS.
  20. echo THE GREEN LINES DO NOT REPRESENT THE POSITIONS OF ANY ACTUAL
  21. echo CHEMICAL BONDS.
  22. pause
  23.  
  24. select 99-117:b and backbone
  25. color cpk
  26. backbone off
  27. wireframe 0.3
  28. script clrleg.scr
  29. echo HERE ARE THE ACTUAL BONDS OF THE ALPHA HELIX BACKBONE:
  30. echo THREE-ATOM REPEATS OF
  31. echo .     (NITROGEN - ALPHA CARBON - CARBOXY CARBON)
  32. echo .        BLUE         GRAY           RED-GRAY
  33. pause
  34.  
  35. hbonds 0.2
  36. color hbonds magenta
  37. echo HYDROGEN BONDS (ORANGE) STABILIZE THE ALPHA HELIX.
  38. pause
  39.  
  40. select 99-117:b
  41. wireframe 0.3
  42. echo THE SIDECHAINS ON THE ALPHA CARBONS ARE SHOWN IN GREEN.
  43. pause
  44.  
  45. color cpk
  46. script clrleg.scr
  47. echo NOW THE SIDECHAIN ELEMENTS ARE IDENTIFIED:
  48. echo C=GRAY, N=BLUE, O=RED, SULFUR=YELLOW (HYDROGENS ARE MISSING).
  49. pause
  50.  
  51. reset
  52. rotate z -10
  53. spacefill
  54. zoom 200
  55. translate y 0
  56. center selected
  57. script clrleg.scr
  58. echo NOTE THE FREQUENT OXYGENS (RED) AND NITROGENS (BLUE)
  59. echo ON THIS SURFACE OF THE ALPHA HELIX.  THIS SIDE OF
  60. echo THE HELIX FACES THE WATER AT THE SURFACE OF THE PROTEIN.
  61. pause
  62.  
  63. select selected and backbone
  64. color black
  65. echo
  66. echo THE BACKBONE HAS BEEN BLACKED-OUT.
  67. pause
  68.  
  69. script x90-3.scr
  70. echo THE OPPOSITE SURFACE OF THE HELIX IS HYDROPHOBIC.
  71. echo IT FACES THE INSIDE OF THE PROTEIN, WHERE THERE IS
  72. echo LITTLE WATER, INTERACTING WITH HYDROPHOBIC AMINO
  73. echo ACIDS ON OTHER HELICES.
  74. pause
  75.  
  76. reset
  77. zoom 200
  78. rotate z -10
  79. center selected
  80. rotate y 90
  81. echo THIS END VIEW SHOWS THE DIFFERENCES BETWEEN SIDES.
  82. pause
  83.