home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / hemoglob / !Hemoglob / PEP4_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-02-01  |  2KB  |  80 lines
  1. zap
  2. load pdb "b27pep4.PDB"
  3. reset
  4. set hourglass on
  5. rotate z -13
  6. rotate y 37
  7. rotate x 130
  8. zoom 200
  9.  
  10. # 1-AA backbone only
  11. restrict ala and not atomno=1907
  12. wireframe 0.15
  13. script clrleg.scr
  14. echo This is the backbone of 1 amino acid (AA).
  15. pause
  16.  
  17. # 3-AA backbone
  18. restrict ((ala or lys or ile) and backbone) or hydrogen
  19. wireframe 0.15
  20. script clrleg.scr
  21. echo Here is the backbone of a tripeptide (3 AA's).
  22. echo No side groups are shown, and most hydrogens are omitted.
  23. pause
  24.  
  25. # tri-alanine
  26. restrict selected or atomno=1907 or atomno=1894 or atomno=1913
  27. wireframe 0.15
  28. script clrleg.scr
  29. echo Now each AA has a 1-carbon side group, so we have
  30. echo .  Ala Ala Ala (tri-alanine)
  31. pause
  32.  
  33. restrict selected or lys
  34. wireframe 0.15
  35. script clrleg.scr
  36. echo Adding an NH3 to a carbon chain on the 1st AA gives
  37. echo .  Lys Ala Ala
  38. pause
  39.  
  40. restrict selected or ile
  41. wireframe 0.15
  42. script clrleg.scr
  43. echo Adding two carbons to the 3rd AA gives isoleucine:
  44. echo .  Lys Ala Ile
  45. pause
  46.  
  47. restrict selected or thr
  48. wireframe 0.15
  49. script clrleg.scr
  50. echo The 4th AA is threonine with its hydroxyl, giving
  51. echo .  Lys Ala Ile Thr
  52. pause
  53.  
  54. spacefill
  55. echo Here is the shape of the tetrapeptide.
  56. pause
  57.  
  58. zoom 100 
  59. echo This is a good size for rotating the tetrapeptide.
  60. pause
  61.  
  62. zoom 200
  63. spacefill off
  64. backbone 0.1
  65. color backbone green
  66. script clrleg.scr
  67. echo The stick representation has too much detail for larger
  68. echo proteins.  The alpha-carbons are connected with a line
  69. echo called the BACKBONE trace.
  70. pause
  71.  
  72. wireframe off
  73. script clrleg.scr
  74. echo Showing only the backbone makes it easier to see the
  75. echo secondary and tertiary structure of a protein.
  76. pause
  77.  
  78. wireframe 0.15
  79. pause
  80.