home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Fresh Fish 10 / Fresh_Fish_10_2352.bin / useful / reviews / software / science / mog < prev    next >
Internet Message Format  |  1994-06-09  |  12KB
  1. Path: menudo.uh.edu!usenet
  2. From: afountai@garnet.acns.fsu.edu (Augustus W. Fountain)
  3. Newsgroups: comp.sys.amiga.reviews
  4. Subject: REVIEW: MoG, Molecular Graphics software for the Amiga
  5. Followup-To: comp.sys.amiga.applications
  6. Date: 13 Jan 1994 20:59:29 GMT
  7. Organization: The Amiga Online Review Column - ed. Daniel Barrett
  8. Lines: 296
  9. Sender: amiga-reviews@math.uh.edu (comp.sys.amiga.reviews moderator)
  10. Distribution: world
  11. Message-ID: <2h4cnh$9nl@menudo.uh.edu>
  12. Reply-To: afountai@garnet.acns.fsu.edu (Augustus W. Fountain)
  13. NNTP-Posting-Host: karazm.math.uh.edu
  14. Keywords: science, graphics, molecular, commercial
  15.  
  16.  
  17. PRODUCT NAME
  18.  
  19.     MoG, Molecular Graphics Software for the Amiga.
  20.  
  21.  
  22. BRIEF DESCRIPTION
  23.  
  24.     MoG is a molecular graphics software package, actually consisting of
  25. three major parts:  MoG, CPK, and PLT.  This software allows for the viewing,
  26. building, manipulating, and printing of high quality, three dimensional,
  27. space filled, molecular structures.  This program is best utilized when
  28. working with organic molecules and protein structures.  Although utilizing
  29. its own molecular file format, MoG does support CSSR and PDB molecular file
  30. formats by means of a conversion program.  Output from MoG can be in either
  31. IFF-ILBM, Postscript, EPSF, or HPGL formats.  From CPK, the IFF-ILBM format
  32. supports HAM and Extra Half Bright (EHB) displays.
  33.  
  34.  
  35. AUTHOR/COMPANY INFORMATION
  36.  
  37.     Name:        SciTech Software
  38.     Address:    23, Stag Leys
  39.             Ashtead
  40.             Surrey
  41.             England
  42.             KT21 2TD
  43.  
  44.     Telephone:    +44 372 275775
  45.  
  46.  
  47. LIST PRICE
  48.  
  49.     Version     Full Price    Academic Price    Comments
  50.               ($US)           ($US)
  51.     ===================================================================
  52.     Basic        $200.00     $135.00
  53.     CoPro         $300.00     $185.00     Requires 68020+ and
  54.                             68881 or 68882
  55.                             co-processor
  56.     Library     $475.00     $300.00     Linkable Library
  57.  
  58.     In order for a buyer to qualify for the academic price, SciTech
  59. Software requires that the order be placed on university letterhead and
  60. countersigned by the department head or some other university representative.
  61.  
  62.     The version evaluated in this review is the "CoPro" version.
  63.  
  64.  
  65. SPECIAL HARDWARE AND SOFTWARE REQUIREMENTS
  66.  
  67.     HARDWARE
  68.  
  69.         At least 1 Meg of Fast RAM.
  70.         If you desire to create space-filling pictures with CPK from
  71.         within the program, at least 1.5 Meg of Fast RAM is
  72.         necessary. The software is fully compatible with the enhanced
  73.         chip set.
  74.  
  75.         A hard drive is not required, but is highly recommended.
  76.         Fully loaded, MoG will occupy approximately 1.2 Meg of hard
  77.         disk space.
  78.  
  79.         The Basic version does not require a CPU faster than the
  80.         68000.  However, the CoPro version and Link library require
  81.         a 68020 or 68030 CPU and a 68881 or 68882 math co-processor.
  82.         The co-processor version is recommended for larger molecules
  83.         and faster imaging.
  84.  
  85.         Some form of flicker-free video is an absolute must with this
  86.         program.  Without it, you will not be able to exploit fully
  87.         the ability to manipulate large molecules easily.
  88.  
  89.     SOFTWARE
  90.  
  91.         AmigaDOS V1.3 or higher is required to run MoG, with
  92.         AmigaDOS V2.0 or higher being recommended.  (I tested
  93.         this program with AmigaDOS 2.1)
  94.  
  95.         MoG comes packaged with PLT version 1.3B, a spooled HPGL
  96.         printer driver, written by Rich Champeaux and Jim Miller.
  97.         PLT is a quality driver which can also be used by other
  98.         programs, such as Gnuplot and Multiplot.  This utility is
  99.         freely distributable, but is not in the public domain.
  100.  
  101.  
  102. COPY PROTECTION
  103.  
  104.     Serial numbered for company reference only.
  105.  
  106.  
  107. MACHINE USED FOR TESTING
  108.  
  109.     Amiga 2000
  110.     AmigaDOS 2.1
  111.     8 Meg Fast RAM, 1 Meg Chip RAM
  112.     GVP Series II 68030 CPU, 68882 FPU, 68030 MMU [33 MHz]
  113.     Quantum ELS85S hard drive, 85 Meg
  114.     Flicker Fixer
  115.     Panasonic PanaSync C1381! monitor
  116.     Hewlett Packard DeskJet 500
  117.  
  118.  
  119. INSTALLATION
  120.  
  121.     The software does not use the Commodore Installer program.  An
  122. installation script named Install-HD is provided; however, it assumes the
  123. destination drive name is dh0:.  Instructions are provided to describe
  124. changes to the script needed prior to installation to a different drive or
  125. onto a floppy based system.  The process was fairly simple; however, it does
  126. require a minor editing job to the S:Startup-Sequence or S:User-Startup file.
  127.  
  128.  
  129. INTRODUCTION
  130.  
  131.     The major function of this software is to produce high quality,
  132. three dimensional, space filled images of organic molecules and protein
  133. structures.  MoG performs its primary task exquisitely.  Extremely high
  134. quality, three dimensional images that are publication ready can easily be
  135. produced.  The graphical user interface (GUI) uses simple buttons to rotate,
  136. translate, and magnify a structure in an easy, stepwise fashion.  You have
  137. full control of the molecule's movement by setting default rotation angles
  138. and step increments.  A translation matrix can even be called to perform
  139. specific symmetry operations on the molecule.
  140.  
  141.     MoG uses several text-editable configuration files to give the user
  142. full control over the MoG environment.    Most of these defaults can be saved
  143. directly from the program, but several require specific definition in the
  144. configuration file.
  145.  
  146. HOW THE PROGRAM WORKS
  147.  
  148.     Once the program is activated from the Workbench, the user can then
  149. load a MoG structure for viewing.  Conversion from CSSR and PDB formats is
  150. allowed from within the program, but MoG will not automatically read one of
  151. these files.  I was able to check the conversion of PDB files only, since
  152. CSSR files are not in the public domain and out of my financial reach.  PDB
  153. files are available from the Protein Data Bank at Brookhaven National
  154. Laboratory via ftp from pdb.pdb.bnl.gov.  The default conversion program can
  155. be changed to another if the user desires.  SciTech Software provides the
  156. source code for the conversion program as well as the MoG file structure in C
  157. for those ambitious computer chemists.
  158.  
  159.     As a brief aside, another conversion program that is in the public
  160. domain called Babel is available via ftp from joplin.biosci.arizonia.edu.
  161. This compressed tar archive is actually a file of Unix source code in C for
  162. the program.  Once compiled, it runs via the Shell on the Amiga, providing
  163. conversion routines for a dozen or so popular molecular structure formats,
  164. like MoPac, and simple xyz models.  I have contacted Pat Walters at the
  165. Laboratory for Artificial Intelligence in Chemistry, University of Arizona,
  166. and informed him that Babel runs on the Amiga.  He has agreed to include MoG
  167. conversion in future versions of the archive.
  168.  
  169.     Inside MoG, atoms are displayed as "x"'s and bonds as thin lines in
  170. simple wire diagrams.  Labels showing the identity of specific atoms can be
  171. displayed to aid in viewing the structure.  Simple bond angle and distance
  172. calculations can be made on loaded structures.  Bonds can be broken and
  173. twisted, and atoms moved, all by using the mouse.  A fragment library
  174. of molecular and protein "backbone" structures is also provided.
  175.  
  176.     I found building a molecule very difficult.  MoG provides no easy
  177. way to do this.  Even if the molecule you build or manipulate looks "right",
  178. there is no way to perform energy minimization or reference known bond
  179. angles and distances to be sure.
  180.  
  181.     Once you have your structure the way you want it, colors for the
  182. individual atoms or protein residues can be assigned.  The easiest way to
  183. do this is to read in a color list.  Your alternative is to assign each
  184. type of atom or residue a color from the pallet requester.  Now that each
  185. atom can be distinguished, CPK can be invoked to draw the space filled
  186. image.
  187.  
  188.     Production of high quality images is painfully slow.  The best route
  189. to follow is to produce only "preview" quality images in MoG, since the
  190. image will have to be rendered again through CPK to save it as an IFF file.
  191. CPK's only function is to render and save spaced filled image files
  192. generated by MoG.  As a default, MoG saves a ".cpk" file each time a
  193. molecule is rendered.  The ".cpk" files can be rendered and saved in batch
  194. sequence by using a script, or done individually.  Currently, MoG and CPK
  195. are not ARexx compatible.  Only wire diagrams can be saved as EPSF,
  196. Postscript, HPGL or IFF files from within MoG.
  197.  
  198.     An uuencoded IFF-HAM image of morphine appears in a separate posting
  199. after this review, as