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Text File  |  1996-01-30  |  2KB  |  39 lines
  1.        Document 0100
  2.  DOCN  M9610100
  3.  TI    Identification of hypervariable and conserved regions in the surface
  4.        envelope gene in the bovine lentivirus.
  5.  DT    9601
  6.  AU    Suarez DL; Whetstone CA; National Animal Disease Center, USDA,
  7.        Agriculture Research; Service, Ames, Iowa 50010, USA.
  8.  SO    Virology. 1995 Oct 1;212(2):728-33. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        GENBANK/L43129
  10.  AB    The surface envelope (SU) gene of nine different isolates of the bovine
  11.        lentivirus (BIV) were compared for nucleotide and deduced amino acid
  12.        (aa) sequence diversity. Analyses were done both on isolates derived
  13.        from the original reference strain, R29, and on field isolates of BIV.
  14.        Six conserved and six hypervariable regions were identified. Many of the
  15.        hypervariable regions were located in areas predicted to be on the
  16.        surface of the SU protein. The SU gene comparison among all isolates
  17.        showed up to a 50% aa sequence divergence. When a conserved region of
  18.        the reverse transcriptase gene was compared among eight of the isolates,
  19.        there was less than 11% aa sequence divergence. When comparing all
  20.        isolates, the greatest size differences in the SU gene are observed in
  21.        the 2nd hypervariable region (V2) with up to a 104-aa difference between
  22.        the largest and smallest variant. R29-106, an infectious molecular clone
  23.        of the original isolate of BIV, has an 87-bp deletion in V2 as compared
  24.        to prototype isolate R29-127. All R29-derived isolates sequenced for
  25.        this study had a SU gene size similar to R29-106. The four field
  26.        isolates sequenced for this study had SU genes larger than R29-127.
  27.        R29-derived isolates may not be representative of BIV currently present
  28.        in United States cattle.
  29.  DE    Amino Acid Sequence  Animal  Base Sequence  Cattle  *Conserved Sequence
  30.        Genes, env/*GENETICS  Lentiviruses, Bovine/*GENETICS  Molecular Sequence
  31.        Data  Sequence Analysis, DNA  Sequence Homology, Amino Acid  Sequence
  32.        Homology, Nucleic Acid  Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.  Support, U.S.
  33.        Gov't, P.H.S.  Variation (Genetics)/*GENETICS  Viral Envelope
  34.        Proteins/CHEMISTRY/*GENETICS  JOURNAL ARTICLE
  35.  
  36.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  37.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  38.  
  39.