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Text File  |  1996-01-30  |  2KB  |  41 lines
  1.        Document 0215
  2.  DOCN  M9610215
  3.  TI    Design, biochemical, biophysical and biological properties of
  4.        cooperative antisense oligonucleotides.
  5.  DT    9601
  6.  AU    Kandimalla ER; Manning A; Lathan C; Byrn RA; Agrawal S; Hybridon, Inc.,
  7.        Worcester, MA 01604, USA.
  8.  SO    Nucleic Acids Res. 1995 Sep 11;23(17):3578-84. Unique Identifier :
  9.        AIDSLINE MED/96032854
  10.  AB    Short oligonucleotides that can bind to adjacent sites on target mRNA
  11.        sequences are designed and evaluated for their binding affinity and
  12.        biological activity. Sequence-specific binding of short tandem
  13.        oligonucleotides is compared with a full-length single oligonucleotide
  14.        (21mer) that binds to the same target sequence. Two short
  15.        oligonucleotides that bind without a base separation between their
  16.        binding sites on the target bind cooperatively, while oligonucleotides
  17.        that have a one or two base separation between the binding
  18.        oligonucleotides do not. The binding affinity of the tandem
  19.        oligonucleotides is improved by extending the ends of the two
  20.        oligonucleotides with complementary sequences. These extended sequences
  21.        form a duplex stem when both oligonucleotides bind to the target,
  22.        resulting in a stable ternary complex. RNase H studies reveal that the
  23.        cooperative oligonucleotides bind to the target RNA with sequence
  24.        specificity. A short oligonucleotide (9mer) with one or two mismatches
  25.        does not bind at the intended site, while longer oligonucleotides
  26.        (21mers) with one or two mismatches still bind to the same site, as does
  27.        a perfectly matched 21mer, and evoke RNase H activity. HIV-1 inhibition
  28.        studies reveal an increase in activity of the cooperative
  29.        oligonucleotide combinations as the length of the dimerization domain
  30.        increases.
  31.  DE    Antiviral Agents/*CHEMISTRY/PHARMACOLOGY  Base Sequence  Heat
  32.        HIV-1/*GENETICS  Molecular Sequence Data  Nucleic Acid Denaturation
  33.        Nucleic Acid Hybridization  Oligonucleotides,
  34.        Antisense/*CHEMISTRY/PHARMACOLOGY  Ribonuclease H, Calf
  35.        Thymus/METABOLISM  RNA, Viral/CHEMISTRY  Structure-Activity Relationship
  36.        Virus Replication/DRUG EFFECTS  JOURNAL ARTICLE
  37.  
  38.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  39.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  40.  
  41.