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Text File  |  1996-02-26  |  4KB  |  55 lines
  1.        Document 0254
  2.  DOCN  M9620254
  3.  TI    The high stability of the triple helices formed between short purine
  4.        oligonucleotides and SIV/HIV-2 vpx genes is determined by the targeted
  5.        DNA structure.
  6.  DT    9602
  7.  AU    Svinarchuk F; Monnot M; Merle A; Malvy C; Fermandjian S; Laboratoire de
  8.        Biochimie-Enzymologie, CNRS URA 147, Institut; Gustave Roussy,
  9.        Villejuif, France.
  10.  SO    Nucleic Acids Res. 1995 Oct 11;23(19):3831-6. Unique Identifier :
  11.        AIDSLINE MED/96038836
  12.  AB    In our previous works we have shown that the oligonucleotides
  13.        5'-GGGGAGGGGGAGG-3' and 5'-GGAGGGGGAGGGG-3' give very stable and
  14.        specific triplexes with their target double stranded DNAs [Svinarchuk,
  15.        F., Bertrand, J.-R. and Malvy, C. (1994) Nucleic Acids Res., 22,
  16.        3742-3747; Svinarchuk, F., Paoletti, J. and Malvy, C. (1995) J. Biol.
  17.        Chem., 270, 14 068-14,071]. The target for the invariable part of these
  18.        oligonucleotides, 5'-GGAGGGGGAGG-3', is found in a highly conserved 20
  19.        bp long purine/pyrimidine tract of the vpx gene of the SIV and HIV-2
  20.        viruses and could be a target for oligonucleotide directed antivirus
  21.        therapy. Here were report on the ability of four purine oligonucleotides
  22.        with different lengths (11-, 14-, 17- and 20-mer) to form triplexes with
  23.        the purine/pyrimidine stretch of the vpx gene. Triplex formation was
  24.        tested by joint dimethyl sulfate (DMS) footprint, gel-retardation assay,
  25.        circular dichroism (CD) and UV-melting studies. Dimethyl sulfate
  26.        footprint studies revealed the antiparallel orientation of the third
  27.        strand to the purine strand of the Watson-Crick duplex. However, the
  28.        protection of the guanines at the ends of the target sequence decreased
  29.        as the length of the third strand oligonucleotide increased. Melting
  30.        temperature studies provided profiles with only one transition for all
  31.        of the triplexes. The melting temperatures of the triplexes were found
  32.        to be the same as for the targeted duplex in the case of the 11- and
  33.        14-mer third strands while for the 17- and 20-mer third strands the
  34.        melting temperature of the triplexes were correspondingly 4 and 8
  35.        degrees C higher than for the duplex. Heating and cooling melting curves
  36.        were reversible for all of the tested triplexes except one with the
  37.        20-mer third strand oligonucleotide. Circular dichroism spectra showed
  38.        the ability of the target DNA to adopt an A-like DNA conformation. Upon
  39.        triplex formation the A-DNA form becomes even more pronounced. This
  40.        effect depends on the length of the third strand oligonucleotide: the CD
  41.        spectrum shows a 'classical' A-DNA shape with the 20-mer. This is not
  42.        observed with the purine/pyrimidine stretch of the HIV-1 DNA which keeps
  43.        a B-like spectrum even after triplex formation. We suggest, that an
  44.        A-like duplex DNA is required for the formation of a stable DNA
  45.        purine(purine-pyrimidine) triplex.
  46.  DE    Base Sequence  Circular Dichroism  Drug Stability  DNA Footprinting
  47.        DNA, Viral/*CHEMISTRY  Genes, Viral  HIV-2/*GENETICS
  48.        Magnesium/PHARMACOLOGY  Molecular Sequence Data  *Nucleic Acid
  49.        Conformation  Purine Nucleotides/*CHEMISTRY  Support, Non-U.S. Gov't
  50.        SIV/*GENETICS  Viral Regulatory Proteins/*GENETICS  JOURNAL ARTICLE
  51.  
  52.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  53.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  54.  
  55.