home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / HEALTH / MED9602.ZIP / M9620301.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-26  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0301
  2.  DOCN  M9620301
  3.  TI    Natural selection on the gag, pol, and env genes of human
  4.        immunodeficiency virus 1 (HIV-1).
  5.  DT    9602
  6.  AU    Seibert SA; Howell CY; Hughes MK; Hughes AL; Department of Biology,
  7.        Pennsylvania State University, University; Park 16802, USA.
  8.  SO    Mol Biol Evol. 1995 Sep;12(5):803-13. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        GENBANK/K03454
  10.  AB    Natural selection on polymorphic protein-coding loci of human
  11.        immunodeficiency virus-1 (HIV-1), the more geographically widespread of
  12.        the two viruses causing human acquired immune deficiency syndrome
  13.        (AIDS), was studied by estimating the rates of nucleotide substitution
  14.        per site in comparisons among alleles classified in families of related
  15.        alleles on the basis of a phylogenetic analysis. In the case of gag,
  16.        pol, and gp41, the rate of synonymous substitution generally exceeded
  17.        that of nonsynonymous substitution, indicating that these genes are
  18.        subject to purifying selection. However, in the case of several of the
  19.        variable (V) regions of the gp120 gene, especially V2 and V3,
  20.        comparisons within and between families often showed a significantly
  21.        higher rate of nonsynonymous than of synonymous nucleotide substitution.
  22.        This pattern of nucleotide substitution indicates that positive
  23.        Darwinian selection has acted to diversify these regions at the amino
  24.        acid level. The V regions have been identified as probable epitopes for
  25.        antibody recognition; therefore, avoidance of such recognition seems
  26.        likely to be the basis for positive selection on these regions. By
  27.        contrast, regions of HIV-1 proteins identified as epitopes for T cell
  28.        recognition show no evidence of positive selection and are often highly
  29.        conserved at the amino acid level. These results suggest that selection
  30.        favoring avoidance of T cell recognition has not been a major factor in
  31.        the history of HIV-1 and thus that avoidance of T cell recognition is
  32.        not likely to be a major factor in the pathogenesis of AIDS.
  33.  DE    Acquired Immunodeficiency Syndrome/VIROLOGY  Alleles  Amino Acid
  34.        Sequence  Comparative Study  Epitopes/ANALYSIS  *Genes, env  *Genes, gag
  35.        *Genes, pol  Human  HIV Envelope Protein gp120/BIOSYNTHESIS/GENETICS
  36.        HIV Envelope Protein gp41/BIOSYNTHESIS/GENETICS  HIV-1/*GENETICS
  37.        HIV-2/*GENETICS  Molecular Sequence Data  *Phylogeny  *Selection
  38.        (Genetics)  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  T-Lymphocytes/IMMUNOLOGY
  39.        JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.