home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / HEALTH / MED9602.ZIP / M9620624.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-26  |  3KB  |  48 lines
  1.        Document 0624
  2.  DOCN  M9620624
  3.  TI    Enhanced and coordinated processing of synapsed viral DNA ends by
  4.        retroviral integrases in vitro.
  5.  DT    9602
  6.  AU    Kukolj G; Skalka AM; Institute for Cancer Research, Fox Chase Cancer
  7.        Center,; Philadelphia, Pennsylvania 19111, USA.
  8.  SO    Genes Dev. 1995 Oct 15;9(20):2556-67. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/96033805
  10.  AB    We have designed novel substrates to investigate the first step in
  11.        retroviral integration: the site-specific processing of two nucleotides
  12.        from the 3' ends of viral DNA. The substrates consist of short duplex
  13.        oligodeoxynucleotides whose sequences match those of the U3 and U5 ends
  14.        of viral DNA but are covalently synapsed across the termini by short,
  15.        single-strand nucleotide linkers. We show here that the optimal
  16.        separation between termini in a synapsed-end substrate for avian
  17.        sarcoma/leukosis virus (ASV) IN is 2 nucleotides. This places the two
  18.        conserved 5'-CA-3' processing sites 6 nucleotides apart, a separation
  19.        equal to the staggered cut in target DNA produced by this enzyme during
  20.        the subsequent joining reaction. Based on estimates of initial reaction
  21.        rates, this synapsed-end substrate is processed by IN at > 10-fold
  22.        higher efficiency than observed with an equivalent mixture of U3 and U5
  23.        single-end (uncoupled) substrates. Enhanced processing is maintained at
  24.        low IN concentrations, suggesting that the synapsed-end substrate may
  25.        facilitate enzyme multimerization. Enhanced processing by HIV-1 IN,
  26.        which produces a 5-bp stagger during integration, was observed with a
  27.        synapsed-end substrate in which the separation between processing sites
  28.        was 5 nucleotides. These observations provide estimates of the distances
  29.        between active sites in the multimeric IN-DNA complexes of ASV and
  30.        HIV-1. Our results also show that processing of paired U3 and U5 ends
  31.        need not be coupled temporally. Finally, we observed that substrates
  32.        that paired a wild-type with a mutated terminus were cleaved poorly at
  33.        both ends. Thus, in vitro processing of the synapsed-end substrates
  34.        requires specific recognition of the sequences at both ends. These
  35.        findings provide new insights into the mechanism of integrative
  36.        recombination by retroviral integrases and, by extension, other
  37.        prokaryotic and eukaryotic transposases that are related to the viral
  38.        enzymes.
  39.  DE    Base Sequence  DNA Nucleotidyltransferases/*METABOLISM  DNA,
  40.        Viral/CHEMISTRY/*METABOLISM  HIV-1/*ENZYMOLOGY/GENETICS  Molecular
  41.        Sequence Data  Nucleic Acid Conformation  Sarcoma Viruses,
  42.        Avian/*ENZYMOLOGY/GENETICS  Substrate Specificity  Support, Non-U.S.
  43.        Gov't  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Virus Integration  JOURNAL ARTICLE
  44.  
  45.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  46.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  47.  
  48.