home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / SCIENCE / H_PROG12.ZIP / EXCEL.TXT < prev    next >
Text File  |  1995-03-09  |  5KB  |  107 lines
  1. EXCEL.TXT 
  2. This is the description file for the demonstration files
  3. provided with H_PROG. 
  4.  
  5. EXCEL demonstration files on the disk
  6.  
  7. APPS1.XLA                'Creates a menu that calls the other sheets
  8. CA_CALIB.XLT             'Template for Calibration work sheet
  9. CA_CALC.XLT              'Template for Calculation work sheet
  10. CA_PASTE.XLM             'Macro sheet that supports the data import function
  11.  
  12.  
  13. These files work with MS EXCEL versions 3,4 and 5 although APPS1.XLA
  14. requires 5.0 to be set to Version 4.0 menus to work properly.
  15.  
  16. APPS1.XLA creates a menu which is added to the standard EXCEL menus.
  17. The Applications menu is paced next to the edit menu on the menu bar and
  18. has 5 sub menus.
  19.  
  20. Calcium measurement: This activates both the calibration and calculation
  21. templates, and places them ready for data input with the calibration file
  22. active. At present the calculation sheets are set up for experiments of
  23. 3 minutes duration.
  24.  
  25. New Sheet: Starts a new copy of the calculation sheet, useful if you
  26. have several sets of data with the same calibration file.
  27.  
  28. Paste Kd▀ Values: Pastes calculated KdB values from the calibration sheet
  29. to the active calculation worksheet.
  30.  
  31. Import Data: copies data from the CSV files created by H_PROG into 
  32. the approprate work sheets.
  33.  
  34. Remove menu: this removes the application menu.
  35.  
  36.  
  37. MACRO KEYS: 
  38.  
  39. Ctrl+V pastes data only (like using Paste Special Values only faster)
  40. Ctrl+Shift+P copies and pastes Kd▀ values from the calibration sheet
  41.        to the calculation sheet
  42. Ctrl+O opens the calibration data files
  43. Ctrl+H opens data files then copies and inserts ratio data into the 
  44.        indicated area on the sheet.
  45.  
  46. PERFORMING CALCULATIONS
  47.  
  48. If you wish to use the APPS1.XLA menus, copy all the above files into the
  49. the subdirectory excel\xlstart. When you start EXCEL the menu will 
  50. automatically load. If you wish to use the templates alone, they
  51. can be stored anywhere. However the XLM file MUST be loaded for the
  52. calculation and calibration files to work. Currently the XLM file
  53. assumes the data files are on a disk in drive A.
  54.  
  55. To use the example sheets either choose the calcium measurement option
  56. from the applications menu, or open CA_PASTE.XLM, CA_CALC.XLT and 
  57. CA_CALIB.XLT. When the files have loaded make sure the Calibration file 
  58. is the active file. 
  59.  
  60. All the files have color coded input areas to guide you. Yellow and green
  61. indicate data input areas. 
  62.  
  63. Use Ctrl+O or the menu item to open your data file(s) with calibration data.
  64. When you have opened the appropriate file(s), you must manually find Rmin 
  65. and Rmax (I am still working on a program to do this), and copy them to the 
  66. appropriate columns in the calibration work sheet. I use 20 secs of data
  67. from the plateau regions after adding digitonin for 2 min followed by 1 mM
  68. EGTA for 2 min. (I do this on the same batch of suspended cells, but 
  69. similar principles apply for BCECF or SBFI, where calibration curves are
  70. used). The you have to copy the equivalent regions from the 380 nm data
  71. (the WL2 column in the CSV file). You need both of these sets of data to
  72. provide the correction factor (the ▀ of the Kd▀)  as well as the Rmin and
  73. Rmax. (see equation 5 of Grynkiewicz et al., J.Biol.Chem. 1985, 260: 3440-
  74. 3450 for details).
  75.  
  76. Once you have Rmin, Rmax and Kd▀, you can then copy and paste them manually
  77. to the calculation sheet (Ctrl+V is handy for just pasting values) or use 
  78. the Ctrl+Shift+P hot key or the menu item. You should NOT save the 
  79. calibration sheet OR the calculation worksheet before doing this as the 
  80. macro loses the name of the sheets and you will get an error message.
  81.  
  82. With the calibration data in the calculation worksheet, move the active cell
  83. (that little rectangle) to the first cell in the data input region, then 
  84. press Ctrl+O. This calls up a file selection box so you can pick the data
  85. file. The program currently assumes that the data files are on a disk in
  86. drive A. Once you pick the file, it automatically extracts the data from it
  87. and pastes it in the column, the spreadsheet then automatically calculates 
  88. [Ca2+]i. Continue on for the rest of the data. When the data entry is 
  89. finished. Press F5 (GoTo) and select the name A_data, this takes you
  90. to the summary data. Press F5 again and select the name Agraph. This takes 
  91. you to the automatic graph of the data. Printing the worksheet will print 
  92. the summary sheet only, unless you redefine the print range. You not only
  93. have to select the graph, but also have to enter Graph edit mode to be 
  94. able to print it.
  95.  
  96. CHANGING THE FILES
  97.  
  98. Feel free to alter these files for your own use. You have to unhide 
  99. the XLM file to work on it. To edit the XLT files
  100. you have to hold down the shift key when opening them. To edit the 
  101. XLA file you first have to hold down the shift key when opening it, 
  102. THEN unhide it. You REALLY have to read the EXCEL manuals to work
  103. out what to do next though, as they are moderatly complicated macros
  104. (well, OK, changing the drive specifier in the XLM file is trivial
  105. the other bits are a bit tricky).
  106.  
  107.