home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / SCIENCE / H_PROG12.ZIP / H_MAN.TXT < prev    next >
Text File  |  1995-03-09  |  20KB  |  469 lines
  1. H_PROG Manual                                                     Page i:
  2.  
  3.  
  4. H_PROG V1.1
  5.  
  6. Contents:
  7. Introduction......................................................Page 1
  8. Menu 1, starting and ending remote mode ..........................Page 3
  9. Initialisation Menu, changing ports and default directories.......Page 4
  10. Menu 2, Staring Calcium measurements and saving data files........Page 5
  11. Menu 3, Manually setting parameters...............................Page 7
  12. Menu 4 Starting single wavelength measurements....................Page 8
  13. Problems, Technical stuff.........................................Page 9
  14.  
  15. This program is freeware, and you are encouraged to copy it and give
  16. it to people who can use it (see the last page for more information). 
  17.  
  18.  
  19. Ian Musgrave Ph.D.
  20. Prince Henry's Institute of Medical Research
  21. PO Box 5152, Clayton 3168
  22. Victoria, Australia.
  23. email Ian.Musgrave@med.monash.edu.au
  24. phone +61 3 550 4286 fax +61 3 550 6125
  25.  
  26.  
  27. H_PROG Manual                                                   Page 1:
  28.  
  29.  
  30. INTRODUCTION:
  31.  
  32. This is a simple program for controlling the Hitachi F-2000 
  33. spectrophotometer, imaginatively called H_PROG.EXE. It is intended 
  34. mainly for measurement of intracellular ions using either ratio 
  35. (eg FURA2, BCECF) or single wavelength (eg. FLUO3, Sodium green) dyes.
  36.  
  37. BASIC INFORMATION:
  38.  
  39. This is a very simple program. Basically you can only start a 
  40. measurement, stop it, save the data in spreadsheet compatible CSV format 
  41. and draw a crude graph of the ratio values. It cannot SET any 
  42. parameters, due to the nature of the Hitachi command set. To do this you
  43. have to return control of the Hitachi F-2000 to itself and set them (eg 
  44. excitation and emission wavelengths) manually. Sorry about that, but that 
  45. is how Hitachi wrote the command language. 
  46.  
  47. Currently you can measure either a single ratio dye (using the CALCIUM
  48. protocol) or a single wavelength dye. The program cannot do wavelength 
  49. scans, although it is possible to program it in and I may do it at a 
  50. later stage. 
  51.  
  52. WHAT THE PROGRAM DOESN'T DO. 
  53.  
  54. There is no printing facility as I assume you will transfer the CSV files 
  55. to EXCEL, QATTROPRO or something similar for post processing. These have 
  56. better graphing algorithms than I could ever write. 
  57.  
  58. I have also not written a ratio to calcium section for the same reason 
  59. (also peak detection problems). I have written a suite of EXCEL files 
  60. (which should be LOTUS and QUATTROPRO compatible) to do just that. They 
  61. should be included with this program 
  62.  
  63. There is no autofluorescence correction, as this is quite tricky to do at
  64. the moment (again, you can fix it up in a spreadsheet).  
  65.  
  66. KNOWN PROBLEMS:
  67.  
  68. The subroutine that checks that a file already exists
  69. may not work properly on all BIOSes. If it says a file known to exist
  70. is not there, I can provide a version for the variant BIOS. 
  71.  
  72. The algorithm that does the online graphing (as opposed to the
  73. graphing of saved data) doesn't purge old data, so that you get bits of 
  74. graph carrying over. I have tried unsuccessfully to fix this. The Graphs 
  75. are VERY crude and ugly, but they were only designed to give a rough idea 
  76. of what is happening.
  77.  
  78. MACHINE COMMUNICATION PARAMETERS:
  79.  
  80. The Hitachi should be set to 4800 baud, no parity, 8 data bits one stop
  81. bit for optimum efficiency. You can choose other parameters though. You do 
  82. need either a null modem cable or a null modem adapter to connect the
  83. Hitachi to your computer (see page 4-13 of the manual for a confusing
  84. description). These are available in virtually every computer
  85. and electronics store. Otherwise see the cable wiring diagram in section
  86. 4 of the Hitachi manual and get your workshop to make it. 
  87.  
  88.  
  89. H_PROG Manual                                                      Page 2:
  90.  
  91.  
  92. STARTING THE PROGRAM:
  93.  
  94. It is usually best for the Hitachi F-2000 to be already on, as the power 
  95. spike generated when the lamp is turned on may scramble you computer. 
  96. Alternatively make sure a power conditioner is in the circuit.
  97.  
  98. To start the program, merely type H_PROG at the DOS prompt in the 
  99. subdirectory where H_PROG.EXE has been installed. H_PROG can be run under 
  100. Windows (tm) by using the H_PROG.PIF file that has been provided. The program 
  101. has two switches, /ver, which gives you the version of the program, and /H 
  102. which gives VERY brief help.
  103.  
  104. The program will load up and display Menu 1, the opening menu. The menu 
  105. items can be chosen by pressing the menu number or the associated hot key 
  106. (the highlighted letter). You can also use the space bar or arrow key to 
  107. move to the appropriate item and then press enter. Help is available by 
  108. pressing F1 in all menus except the initialisation menu, 
  109. where, for obscure technical reasons,  you have to use F1 then spacebar.
  110.  
  111. USING THE HELP READER: 
  112.  
  113. Pressing the Page up key pages up, pressing the
  114. Page down key pages down. The arrow , home and end keys do just what
  115. you would expect them to. The escape key [ESC] returns you to the 
  116. program. 
  117.  
  118. MENUS:
  119.  
  120. There are 5 menus associated with the program, their general descriptions 
  121. are below.
  122.  
  123. ---------------------------------------------------------------------
  124. Menu 1, Main Menu: 
  125.  
  126. This starts (or stops) remote control of the Hitachi F-2000, then sends
  127. you to either the measurement menu, the parameter menu or the single 
  128. wavelength menu. There is also the ability to display saved files 
  129. as a graph of the ratios and the option to change communication 
  130. parameters and default directories via the initialisation menu.
  131.  
  132. ---------------------------------------------------------------------
  133. Menu 2, Measurement menu:
  134.  
  135. Most of the menu  items are self explanatory, the program assumes you 
  136. are only measuring one ratio reagent, be it FURA, SBFI or BCECF.
  137.  
  138. ---------------------------------------------------------------------
  139. Menu 3, Parameter menu:
  140.  
  141. Allows you to change the parameters for Ratio measurement
  142.  
  143. ---------------------------------------------------------------------
  144. Menu 4, Single Wavelength Dye:
  145.  
  146. Measures intensity changes over time for a single wavelength dye 
  147. (eg. FLUO3, Sodium Green, bisoxynol).  The setup is basically 
  148. similar to the ratio measurements 
  149.  
  150.  
  151. H_PROG Manual                                                  Page 3:
  152.  
  153.  
  154. MENU 1, MAIN MENU: 
  155.  
  156. 1) Start Remote Control: This starts remote control of the Hitachi F-2000, 
  157. the Hitachi MUST be in remote control mode before any other command is sent.
  158.  
  159. 2) End Remote Control: This stops remote control of the Hitachi F-2000, 
  160. allowing you to change parameters or otherwise operate the Hitachi F-2000 
  161. manually.
  162.  
  163. 3) Intracellular Calcium: Sends you to menu 2, the intracellular calcium 
  164. measurement menu. You can of course measure virtually any ratio dye from 
  165. this menu. (eg. SBFI, BCECF).
  166.  
  167. 4) Change Calcium Parameters: Sends you to menu 3. Allows you to manually 
  168. change the ratio measurement parameters.
  169.  
  170. 5) Single Wavelength Dye: Sends you to Menu 4. Allows you to measure any 
  171. single wavelength dye (eg. FLUO 3).
  172.  
  173. 6) Graph Saved Data. Graphs RATIO data saved in CSV format. NOTE! this 
  174. CANNOT graph single wavelength data (different file formats).
  175.  
  176. 7) Change Default Setup. Sends you to the initialisation menu, where you 
  177. can change communications parameters and default directories. You can use 
  178. these changes in the one session or save them to an INI file.
  179.  
  180. 8) Quit: Exits H_PROG. The program creates a file called lastrun.sav which 
  181. records wether you had saved file 0 before exiting, and some other 
  182. housekeeping info (i.e., If you were using Single wavelength or ratio mode
  183. and if the Hitachi is turned on).
  184.  
  185.  
  186.  
  187. H_PROG Manual                                                     Page 4:
  188.  
  189.  
  190. INITIALISATION MENU:
  191.  
  192. This allows you to change the default communications parameters and the
  193. default directories of the program. These parameters are stored in a 
  194. file is called HITACHI.INI which resides in the program directory. This file
  195. should have been created during setup. You can alter this file from the menu, 
  196. or with a text editor. Please note that the entries MUST