そのファイルは SPC/SAP/NSF/NSZ/NEZ/NSD/KSS/GBR/GBS/HES/AY/CPC のうちの
どれかではないでしょうか。それは仕様です。
TAG 情報に曲の長さが含まれていればそれを曲の長さとして扱いますが、
そうでない場合は曲の長さを 90秒として扱います。
この秒数は 「ツール」->「環境設定」->「演奏設定」 から変更することが出来ます。
その他に SWF を再生していても途中で終了してしまうことがあります。
SWF には演奏終了の概念がありません。
KbMedia Player では一定時間再生位置に変化の無いとき、または再生位置が
途中で戻ってしまう場合に演奏終了ということにしています。
これは単曲リピートにチェックを入れることで回避することが出来ます。
これにチェックを入れると演奏終了の検出を行わなくなるため、
最後まで再生できるようになります。