home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / CDRLY-C_SC < prev    next >
Text File  |  1995-09-27  |  2KB  |  67 lines
  1. #SPACEFILL CDR CONTACT ATOMS
  2. #within 2., none; within 3., 5 atoms.
  3. #L tyr50, H asp100 tyr101 gly53
  4. #within 3.5, 21 atoms. all CDR (one not recog, L-Thr53)
  5. #within 3.75, 31 atoms. all CDR
  6. #within 4.0, 48 atoms. all CDR and one recognized FR2(L)
  7. #within 4.1, 52 atoms (no new AA's)
  8. #within 4.2, 58 atoms. (adds recog non-CDR L-tyr49, CDR H-arg99)
  9. #now missing only L-his30.
  10. #within 4.3, 63 atoms (no new AA's)
  11. #within 4.4, 69 atoms (no new AA's)
  12. #within 4.5, 71 atoms (no new AA's)
  13. #within 4.6, 76 atoms (no new AA's)
  14. #within 4.7, 80 atoms (no new AA's)
  15. #within 4.9, 84 atoms (no new AA's)
  16. #within 5.3, 104 atoms (1 new AA: nonrecognized CDR H-gly33)
  17. #within 5.6, 116 atoms (1 new AA: nonrecognized CDR L-ile29)
  18. #THEREFORE, we'll sacrifice L-his30 and stop at 4.2, 58 atoms.
  19. #select within(4.2,:y) and not :y
  20. script fabcon.scr
  21. define fcont selected
  22. spacefill
  23. script clrleg.scr
  24. echo The ANTIBODY atoms which contact lysozyme atoms are full-size.
  25. echo Note that 2 of these atoms are in the framework.
  26. echo All the other contact atoms are in the CDR's.
  27. pause
  28.  
  29. #SHOW LYSOZYME BACKBONE
  30. select :y
  31. backbone 0.15
  32. echo
  33. echo Here is the lysozyme backbone.
  34. pause
  35.  
  36. #SPACEFILL LYSOZYME CONTACT ATOMS
  37. #select within(4.2, :h or :l) and not (:h or :l)
  38. script lysocon.scr
  39. define lcont selected
  40. spacefill
  41. script clrleg.scr
  42. echo .  Full-size: LYSOZYME atoms which contact antibody atoms.
  43. pause
  44.  
  45. #TURN OFF BACKBONES
  46. select all
  47. backbone off
  48. select lcont or fcont #for rotation
  49. center selected #for rotation
  50. script clrleg.scr
  51. echo Only the CONTACTING ATOMS of each molecule are shown.
  52. pause
  53.  
  54. #SHOW CONTACTS AS BALL AND STICK
  55. spacefill off
  56. select lcont or fcont
  57. wireframe 0.15
  58. spacefill 0.45
  59. pause
  60.  
  61. #SHOW LYSOZYME EPITOPE ONLY
  62. restrict lcont
  63. script clrleg.scr
  64. echo Only the atoms of LYSOZYME contacting antibody atoms are shown.
  65. echo .  These are the lysozyme EPITOPE.
  66. pause
  67.