home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / antibody / !Antibody / CDRLY-D_SC < prev    next >
Text File  |  1996-03-03  |  2KB  |  96 lines
  1. translate y 20
  2. pause
  3.  
  4. #SHOW LYSOZYME EPITOPE AS BACKBONE
  5. wireframe off
  6. spacefill off
  7. select 18-19:y or 21-25:y or 116-121:y
  8. define back1 selected
  9. backbone 1.0
  10. #alpha carbons of isolated contacting AA's
  11. #select atomno=3515 or atomno=4264 or atomno=4304
  12. #Leu129 despite Kabat & Wu does not appear to contact the Fab
  13. select atomno=3515 or atomno=4264
  14. define back2 selected
  15. spacefill 1.5
  16. script clrleg.scr
  17. echo LYSOZYME's epitope in enlarged-backbone representation.
  18. pause
  19.  
  20. #SHOW EPITOPE WITHIN BACKBONE
  21. select :y
  22. backbone 0.1
  23. select back1
  24. backbone 1.0
  25. select back2
  26. spacefill 1.5
  27. #select :y
  28. #center selected #causes bug screwing up Y translation below
  29. pause
  30.  
  31. #COLOR BY GROUP
  32. script lysgroup.scr
  33. echo Lysozyme is rainbow-colored from end to end.
  34. pause
  35.  
  36. #SHOW DISCONTINUITIES
  37. reset
  38. rotate z -65
  39. rotate y -76
  40. rotate x -21
  41. translate x -23
  42. translate y -6
  43. zoom 280
  44. #select :y
  45. #center selected #causes bug screwing up Y translation below
  46. echo .           The epitope is DISCONTINUOUS.
  47. pause
  48.  
  49. #SHOW FLATNESS OF EPITOPE
  50. reset
  51. rotate z 75
  52. rotate y -57
  53. rotate x 159
  54. translate x -25
  55. translate y -20
  56. zoom 280
  57. #select :y
  58. #center selected
  59. echo .                                   The epitope is FLAT.
  60. pause
  61.  
  62. #RESTORE ANTIBODY
  63. select all
  64. center selected
  65. select :h or :l
  66. backbone on
  67. echo The antibody Fab is now restored.
  68. pause
  69.  
  70. backbone 0.3
  71. pause
  72.  
  73. spacefill
  74. pause
  75.  
  76. select back1 or 124:y or 27:y
  77. spacefill
  78. pause
  79.  
  80. select :y and not selected
  81. backbone 1.
  82. pause
  83.  
  84. color [100,0,150] #dark purple
  85. pause
  86.  
  87. spacefill
  88. pause
  89.  
  90. zoom 80
  91. pause
  92.  
  93. translate x 0
  94. translate y 0
  95. script wave.scr
  96.