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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / dna3 / !DNA3 / DNA3A_SCR < prev    next >
Text File  |  1996-02-28  |  2KB  |  93 lines
  1. #clear legend box (the bottom of the command window should protrude
  2. #out from under the graphics box, leaving room for 6-8 lines of text).
  3. zap
  4. script clrleg.scr
  5.  
  6. load gal4_dna.pdb
  7. wireframe off
  8. restrict dna
  9. zoom 150
  10. center selected
  11. translate x -10
  12.  
  13. #show backbone
  14. color chain
  15. backbone 0.7
  16. refresh
  17. echo THE DNA DOUBLE HELIX (TRACE OF PHOSPHATES IN BACKBONE).
  18. pause
  19.  
  20. #rotate to donut
  21. script x90-2.scr
  22. # exact donut
  23. rotate x -2
  24. refresh
  25. rotate x -2
  26. refresh
  27. rotate x -2
  28. refresh
  29. rotate x -2
  30. refresh
  31. pause
  32.  
  33. #rotate to sausage, roll
  34. script y90-2.scr
  35. script x90-2.scr
  36. pause
  37.  
  38. #spacefill backbone
  39. restrict dna and backbone
  40. backbone off
  41. spacefill on
  42. refresh
  43. script clrleg.scr
  44. echo HERE ARE THE ATOMS IN THE RIBOSE + PHOSPHATE BACKBONE
  45. pause
  46.  
  47. #color cpk
  48. color cpk
  49. refresh
  50. echo
  51. echo RED=O, GRAY=C, BLUE=N, ORANGE=P (HYDROGENS ARE NOT SHOWN)
  52. script x3.scr
  53. pause
  54.  
  55. #zoom
  56. zoom 500
  57. refresh
  58. script clrleg.scr
  59. script clrleg.scr
  60. echo THIS IS A SPACEFILLING REPRESENTATION OF THE ATOMS.
  61. script wave1.scr
  62. pause
  63.  
  64. #change to ball and stick
  65. spacefill off
  66. wireframe 0.15
  67. spacefill 0.45
  68. refresh
  69. script clrleg.scr
  70. echo ATOMIC DIAMETERS ARE NOT TO SCALE IN THIS BALL AND STICK REPRESENTATION.
  71. script wave1.scr
  72. pause
  73.  
  74. #change to sticks
  75. spacefill off
  76. wireframe 0.3
  77. refresh
  78. script clrleg.scr
  79. echo THIS STICK REPRESENTATION SHOWS ONLY BONDS, NOT ATOMS.
  80. script wave1.scr
  81. pause
  82.  
  83. #shrink sticks and roll
  84. zoom 400
  85. refresh
  86. script delay1.scr
  87. zoom 300
  88. refresh
  89. script delay1.scr
  90. zoom 200
  91. refresh
  92. script x90-2.scr
  93.