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/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / hemoglob / !Hemoglob / HB-PHOB_SC < prev    next >
Text File  |  1996-02-25  |  1KB  |  66 lines
  1. zap
  2. load "1hho.pdb"
  3. wireframe off
  4.  
  5. rotate z 15
  6. rotate y 52
  7. rotate x -22
  8. refresh
  9. translate y 5
  10.  
  11. zoom 125
  12.  
  13. restrict :b
  14. spacefill
  15. color [180,180,180]
  16. select polar and :b
  17. color greenblue
  18. select charged and :b
  19. color green
  20. select hem and :b
  21. color [225, 150, 150] #pink-gray
  22. select iron and :b
  23. color cpk
  24. select water
  25. color cyan
  26. spacefill
  27. select :b
  28. center selected
  29.  
  30. script clrleg.scr
  31. echo IN THIS VIEW OF THE BETA CHAIN, THE CHARGED AMINO ACIDS
  32. echo ARE BRIGHT GREEN, THE POLAR AA'S DARK GREEN, AND THE
  33. echo HYDROPHOBIC AA'S GRAY.  (HEME IS RED.)  CHARGED AND
  34. echo POLAR AA'S ARE COMMON ON THE SURFACE, WHERE THEY FORM
  35. echo HYDROGEN BONDS WITH WATER (NOT SHOWN).
  36. pause
  37.  
  38. slab 20
  39. script clrleg.scr
  40. echo A VERTICAL SLICE THROUGH THE MOLECULE, NEAR THE REAR
  41. echo SURFACE, SHOWS MANY HYDROPHILIC RESIDUES.
  42. pause
  43.  
  44. slab 25
  45. echo AS WE MOVE THE SLICE PLANE DEEPER INTO THE MOLECULE,
  46. echo THE CENTER IS HYDROPHOBIC (GRAY) WHILE THE SURFACES
  47. echo HAVE MANY POLAR (DARK GREEN) AND CHARGED (BRIGHT GREEN)
  48. echo RESIDUES.  (HEME IS RED.)
  49. pause
  50.  
  51. slab 30
  52. pause
  53.  
  54. slab 35
  55. pause
  56.  
  57. slab 40
  58. pause
  59.  
  60. slab 45
  61. echo NEAR THE FRONT SURFACE, HYDROPHILIC RESIDUES ARE COMMON.
  62. pause
  63.  
  64. slab off
  65. pause
  66.