home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Datafile PD-CD 5 / DATAFILE_PDCD5.iso / rasmol / scipts / hemoglob / !Hemoglob / HB-SICK_SC < prev    next >
Text File  |  1996-02-25  |  2KB  |  87 lines
  1. zap
  2. load "1HBS.PDB"
  3. wireframe off
  4.  
  5. select :a or :e
  6. color blue
  7. select :b or :f
  8. color [0,180,180] #dull cyan
  9. select :c or :g
  10. color [0,180,0] #dull green
  11. select :d or :h
  12. color [180, 180, 0] #dull yellow/brown
  13.  
  14. # SHOW VALINES ON BETAS
  15. select :e or :f or :g or :h
  16. spacefill
  17. select 6:b or 6:d or 6:f or 6:h
  18. define sval selected
  19. color cpk
  20. script clrleg.scr
  21. echo SICKLE HEMOGLOBIN DIFFERS FROM NORMAL HEMOGLOBIN A BY 
  22. echo A SINGLE AMINO ACID: VALINE REPLACES GLUTAMATE AT POSITION
  23. echo 6 ON THE SURFACE OF THE BETA CHAIN.  THIS CREATES A NEW
  24. echo HYDROPHOBIC SPOT (SHOWN AS GRAY FOR CARBON).
  25. pause
  26.  
  27. # SHOW PATCH ON BETAS
  28. select 70:b or 88:b or 70:d or 88:d or 70:f or 88:f or 70:h or 88:h
  29. define patch selected
  30. color cpk
  31. echo 
  32. echo WHEN DEOXYGENATED, NORMAL HEMOGLOBIN HAS A SMALL
  33. echo HYDROPHOBIC PATCH ON THE SURFACE.
  34. echo 
  35. pause
  36.  
  37. # SHOW AGGREGATION
  38. select :a or :b or :c or :d
  39. spacefill
  40. echo THE HYDROPHOBIC SPOTS STICK TO EACH OTHER (EXCLUDING WATER)
  41. echo CAUSING DEOXYGENATED HEMOGLOBIN TO AGGREGATE INTO CHAINS.
  42. pause
  43.  
  44. # SHOW BINDING AA'S
  45. select hem
  46. spacefill off
  47. #select protein and not (70:b or 88:b or 6:h)
  48. select protein and not (sval or patch)
  49. spacefill off
  50. backbone 0.5
  51. echo 
  52. echo IN THE HEMOGLOBIN CRYSTAL FROM WHICH THIS STRUCTURE WAS OBTAINED,
  53. echo VALINE 6 (BETA) BOUND TO ALANINE 70 AND LEUCINE 88 (BETA).
  54. pause
  55.  
  56. zoom 300
  57. pause
  58.  
  59. zoom 100
  60. script clrleg.scr
  61. echo IN A SICKLED RED BLOOD CELL, THE VALINE 6 (BETA) BINDS TO A
  62. echo DIFFERENT HYDROPHOBIC PATCH (ON THE ALPHA CHAIN, NOT SHOWN).
  63. pause
  64.  
  65. echo
  66. echo THE POLYMERIZED HEMOGLOBIN DISTORTS RED BLOOD CELLS INTO AN
  67. echo ABNORMAL SICKLE-SHAPE. HETEROZYGOTES HAVE A MIXTURE OF NORMAL
  68. echo HEMOGLOBIN A AND MUTANT HEMOGLOBIN S.  THE HEMOGLOBIN A STOPS
  69. echo POLYMERIZATION, PREVENTING SERIOUS SICKLING.  RED CELLS IN
  70. echo HOMOZYGOTES FOR SICKLE HEMOGLOBIN LYSE, PRODUCING THE
  71. echo DISEASE 'SICKLE CELL ANEMIA'.
  72. pause
  73.  
  74. echo
  75. echo SICKLE HEMOGLOBIN, EVEN IN HETEROZYGOTES, CONFERS RESISTANCE
  76. echo TO ONE TYPE OF MALARIA.  THROUGH EVOLUTION, THIS ADVANTAGE
  77. echo HAS LED TO A 40% INCIDENCE OF SICKLE HEMOGLOBIN IN SOME REGIONS
  78. echo OF AFRICA WHERE MALARIA IS ENDEMIC.
  79. pause
  80.  
  81. echo
  82. echo REFERENCES:
  83. echo V. W. RODWELL, 'PROTEINS: MYOGLOBIN AND HEMOGLOBIN', IN HARPER'S
  84. echo BIOCHEMISTRY, 22ND EDITION, EDITED BY R. K. MURRAY ET AL., LANGE
  85. echo PUBLISHING CO., 1990.
  86. echo MALARIA (PP. 758-61) IN 'MICROBIOLOGY' BY PRESCOTT, HARLEY & KLEIN.
  87.