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Text File  |  1996-03-30  |  3KB  |  46 lines
  1.        Document 0949
  2.  DOCN  M9650949
  3.  TI    Molecular subtyping of human T-cell lymphotropic virus type 2 by
  4.        single-strand conformation polymorphism analysis. Retrovirus
  5.        Epidemiology Donor Study Group.
  6.  DT    9505
  7.  AU    Heneine W; Switzer WM; Busch M; Khabbaz RF; Kaplan JE; Retrovirus
  8.        Diseases Branch, Centers for Disease Control and; Prevention, Atlanta,
  9.        Georgia 30333, USA.
  10.  SO    J Clin Microbiol. 1995 Dec;33(12):3260-3. Unique Identifier : AIDSLINE
  11.        MED/96156139
  12.  AB    Molecular subtyping of human T-cell lymphotropic virus type 2 (HTLV-2)
  13.        by the currently used method of restriction fragment length polymorphism
  14.        analysis may not be sufficiently discriminatory for transmission studies
  15.        because of the predominance of single restriction types in various
  16.        HTLV-2-infected populations. The utility of single-strand conformations
  17.        polymorphism (SSCP) analysis was evaluated as a tool to improve the
  18.        sensitivity of the subtyping of HTLV-2. The assay was designed to target
  19.        a highly variable region in the long terminal repeat and was shown to be
  20.        able to detect single nucleotide changes in cloned HTLV-2 sequences.
  21.        Analysis of 52 HTLV-2 samples, of which 32 were from 16 sex partner
  22.        pairs (16 males, 16 females), showed nine different SSCP patterns.
  23.        Identical SSCP results were obtained for each of the 16 couples,
  24.        suggesting the presence of similar viral genotypes and, therefore,
  25.        supporting the likelihood of sexual transmission of HTLV-2 in each of
  26.        these couples. Furthermore, SSCP analysis of seven HTLV-2 samples of the
  27.        same restriction type (b5) showed five different SSCP patterns.
  28.        Nucleotide sequencing of two samples with distinct SSCP patterns
  29.        confirmed the sequence differences. SSCP provides a facile and
  30.        discriminatory tool for the differentiation of HTLV-2 strains, including
  31.        those previously indistinguishable by restriction fragment length
  32.        polymorphism.
  33.  DE    Base Sequence  Comparative Study  DNA Primers/GENETICS  DNA,
  34.        Viral/GENETICS  Female  Human
  35.        HTLV-II/*CLASSIFICATION/*GENETICS/ISOLATION & PURIF  HTLV-II
  36.        Infections/TRANSMISSION/VIROLOGY  Male  Molecular Sequence Data
  37.        Polymerase Chain Reaction  Polymorphism, Restriction Fragment Length
  38.        *Polymorphism, Single-Stranded Conformational  Reproducibility of
  39.        Results  Sensitivity and Specificity  Sequence Homology, Nucleic Acid
  40.        Sexual Partners  Virology/*METHODS/STATISTICS & NUMER DATA  JOURNAL
  41.        ARTICLE
  42.  
  43.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  44.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  45.  
  46.