home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / HEALTH / MED9605D.ZIP / M9650965.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-30  |  2KB  |  30 lines
  1.        Document 0965
  2.  DOCN  M9650965
  3.  TI    PdbAlign, PdbDist and DistAlign: tools to aid in relating sequence
  4.        variability to structure.
  5.  DT    9505
  6.  AU    Sayle R; Saqi M; Weir M; Lyall A; Department of Biomolecular Structure,
  7.        Glaxo Medicines Research; Centre, Stevenage, Herts, UK.
  8.  SO    Comput Appl Biosci. 1995 Oct;11(5):571-3. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/96163640
  10.  AB    Many sequence analysis problems involve consideration of a multiple
  11.        sequence alignment where the 3-dimensional structure of one (or more) of
  12.        the aligned sequences is known. In such cases, it is useful to map the
  13.        sequence variability onto the atomic co-ordinates of known structure. If
  14.        the structure also includes a bound ligand (or the location of the
  15.        active site is known), each column position in the multiple sequence
  16.        alignment may be annotated with its 'distance' from the binding site.
  17.        These annotations, together with a measure of sequence variability,
  18.        provide additional insights into drug specificity, for example among
  19.        viral mutants. This paper describes several useful programs that
  20.        automate this analysis.
  21.  DE    Amino Acid Sequence  Binding Sites/GENETICS  HIV
  22.        Protease/CHEMISTRY/GENETICS  Models, Molecular  Molecular Sequence Data
  23.        Molecular Structure  Protein Conformation  Proteins/CHEMISTRY/*GENETICS
  24.        Sequence Alignment/*METHODS/STATISTICS & NUMER DATA  Sequence Homology,
  25.        Amino Acid  *Software  *Variation (Genetics)  JOURNAL ARTICLE
  26.  
  27.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  28.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  29.  
  30.