home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Collection of Education / collectionofeducationcarat1997.iso / SCIENCE / DELPX02.ZIP / NVMANUAL.DOC < prev    next >
Text File  |  1991-10-23  |  28KB  |  566 lines
  1. ***********************************************************************
  2. *                                                                     *
  3. *              *      *   *        ******  *           *              *
  4. *              *      *   *        *        *    *    *               *
  5. *               *    *    *        ***       *   *   *                *
  6. *                *  *     *        *          * * * *                 *
  7. *                 **      *        ******      *   *                  *
  8. *                                                                     *
  9. ***********************************************************************
  10.  
  11.  
  12.                        A data analysis suite,
  13.           incorporating the exponential fitting routine DELP.
  14.  
  15.     DELP algorithm due to Dr J Martin, Dept Physics, Kings College, Strand,
  16. LONDON WC2R 2LS,  and implemented by DJ Maconochie, Washington University
  17. BOX 8054, 660 S Euclid, St Louis MO 63110 (to whom correspondence may be
  18. initially addressed.
  19. E-mail DJM@morpheus.wustl.edu
  20.  
  21.    Feel free to use this program, but please reference
  22. Martin and Maconochie (1989) J Physiol 418:9P7 in any publications that
  23. contain data analysed using DELP.
  24.  
  25.  
  26.                             INTRODUCTION
  27.  
  28.   1) This software comes free,  with no guarantees.  Feel free to distribute
  29. it in its entirety, with all the associated files.
  30. ____________________________________________________________________________
  31.  
  32.   2) System requirements:
  33.  
  34. a)  Processor- Any IBM PC or compatible should be able to run this program,
  35. but note that it is designed to operate on large data sets,  and on a 8086
  36. machine will run painfully slowly.
  37.  
  38. b)  Maths co-processor- By default,  the code is compiled for use with a
  39. maths co-processor.  There is no reason for this except that I have always
  40. had one,  and without one the program will be excruciatingly slow.  For
  41. exmaple,  filtering the data digitally might take 4 seconds on a 33 MHz 486
  42. machine,  and 20 minutes on a 286 machine without a co-processor.
  43.  
  44. c)  Screen-  The suite was written with standard 16 colour VGA in mind.  It
  45. will run on any screen,  but some of the boxes and colours in the menu tree
  46. will be difficult to decipher, especially with mono- screens.
  47.  
  48. d)  Printer-  Hard copy was available originally on a dot matrix printer.
  49. Most dot matrix printers should give something resembling a screen dump.
  50. Fancy plots are supported on HP II and HP III.  You are however limited to
  51. the landscape fonts available (for example the HP II only has "line printer"
  52. and "courier").
  53.  
  54. e)  Data-  The most important part.  Any file is acceptable that contains a
  55. (optional) header string,   followed by a string of 2-byte integers.  The
  56. following extensions are reserved,  and cause the program to try to read
  57. a particular type of header from the start of the file: ".SVG", ".OLV",
  58. ".CX4" and "CX5".
  59. ____________________________________________________________________________
  60.  
  61.   3) Brief overview:
  62.  
  63. The program runs entirely in graphics mode.  There is a central menu root,
  64. from which branches extent vertically in levels.  <Return> and <Esc> move
  65. up and down the levels.  Items may be selected in one of four ways:
  66.  
  67. a) items in the root may be selected from anywhere in the program by
  68. typeing <Alt> plus the first letter.
  69.  
  70. b) from any other level by typing the first letter.
  71.  
  72. c) by moving the highlighted bar using the arrow keys,  pressing <Return>.
  73.  
  74. d) By taking one of a number of shortcuts such as <Alt>+"R" to run DELP,
  75. <Alt>+"L" to load a file,  <Alt>+"X" to leave the program and <Alt>+"G"
  76. to get the data display screen.  The shortcuts are indicated to the right
  77. of the item in the menu tree.
  78.  
  79.     4) Getting started quickly:
  80.  
  81. It is assumed that
  82. a) you have some data in a file called "filename.dat" or some equivalent.
  83. b) the data is a string of 2 byte integers.
  84. c) that you wish to fit a sum of exponentials to the data
  85.  
  86. i) from the DOS prompt, type "VIEWMENU" <Return>.  If you are connected to
  87. a laser printer,  and you want hardcopy,  then type "VIEW" <Return>.
  88. ii) type <Return> twice.  After the first,  you enter the File menu.  After
  89. the second,  you invoke the last data file that was used.  The filename may
  90. be edited.   Then press <Return> again.
  91.  
  92. ii) hold the <Alt> key and press "G" (ie type <Alt>+"G").  You are now in the
  93. display mode.
  94.  
  95. iii) press the <Home> key.  This has the effect of displaying the data on
  96. screen at minimum magnification.  If the trace is an inconvenient size, then
  97. read the following section to find out how to change the size of the diplayed
  98. trace:  section Graph-Display-  below.
  99.  
  100. iv) press <Return>.  Now you should see two cursors on screen.   Position them
  101. around the section of data to be fitted,  using <Ctrl> and the arrow keys.
  102. Press <Esc> when you are finished.
  103.  
  104. v) type <Alt>+"D".   You are now in the fitting menu for DELP.  Type "i" and
  105. enter the number of exponentials to be fitted (Integration level).  Type "p"
  106. and enter the polynomial degree to be used.  Ten is usually sufficient,  but
  107. experiment with more or less.
  108.  
  109. vi) If next to "Baseline" the word "SET" appears, then press "B".  In this
  110. mode the baseline or offset in your data is calculated.
  111.  
  112. vii) now press "R" to begin the fit.  First a red line overlays the data.
  113. This is a curve calculated from the polynomial coefficients used to represent
  114. the data.   Next the complete fit is drawn in yellow,  and a box with the
  115. caluculated coefficients appears.  Each coefficient appears as a complex
  116. number,  for example "-0.5067 + 0.003j".  If a pair of coefficients is
  117. complex,  then the data has been fitted with an oscillatory component (ie
  118. not a simple decaying exponential).
  119.  
  120. viii) type <Alt>+"G" to return to the display mode,  or <Alt>+"X" to exit
  121. the program.
  122. ___________________________________________________________________________
  123.  
  124.     5)  In the following sections,  the functions available after
  125. selecting the indicate item are given.
  126. ___________________________________________________________________________
  127.  
  128.                            FILE MENU
  129.  
  130.   File-Load-   re-load the last file you used by pressing <Return>,
  131. or select a new one by typing the full path and name.   When you load a file
  132. successfully,  if the file does not have a recognised header that gives the
  133. digitisation frequeny etc,  you will be asked "retain scale values? N".  If
  134. you answer "Y" (deleting the "N" first),  the last values used will be
  135. retained,  otherwise default values will be set.
  136.  
  137.   File-Pick-   pick one of the last six that you used.
  138.  
  139.   File-Change dir- type in a new directory to  begin a search.
  140.  
  141.   File-Directory-  first add a file name template such as "*.*" or
  142. "*.dat".  To begin the search,  type <Return>.  A box with a list of file
  143. names should appear.  Directory names will be pre-fixed with "\".  The
  144. symbol "\.." in the top left corner indicates a route back towards the
  145. root directory or drive.  If in doubt,  exit by typing <Esc>, and giving the
  146. template "*.*", work your way out from the current directory (where the
  147. program is, usually "C:\VIEW").  The operation of this item can be a little
  148. confusing.  Also note that I have experienced difficulty with networked
  149. drives.
  150.  
  151.   File-Quit-  Exit the program,  saving to disk all the parameters that have
  152. been altered,  so that  when you restart the program everything is exactly
  153. as you left it.
  154. ____________________________________________________________________________
  155.  
  156.                      GRAPH MENU
  157.  
  158.   Graph-Display-  from here,  a special set of functions are available
  159. for manipulating the data on screen,  Briefly these are:
  160. a) move the trace: arrows, and <Ctrl>+arrows.
  161. b) resize it: arrows, <insert>, <delete>, <pageUp>, <pagedown>, <home>.
  162. c) next sweep: <spacebar>, previous sweep <Tab>,  jump by "j" followed
  163. by number of sweeps by which to jump.
  164. d) create a window in the display: "w",  resize it with arrows and <Ctrl>
  165. +arrows, <return> to fix it.
  166. e) select a section of the data on screen: <Return> followed by arrows
  167. and <Ctrl>+arrows to move the cursor,  <Retu