C'est au chapitre de l'école que la nouvelle Loi sur l'instruction publique apporte le plus grand changement. L'objectif de la réussite éducative nécessite un nouveau rôle de l'école et une plus grande autonomie afin d'adapter ses services aux besoins et aux caractéristiques de ses élèves et de son milieu. L'école est un établissement d'enseignement qui a pour mission d'instruire, de socialiser et de qualifier les élèves, tout en les rendant aptes à entreprendre et à réussir un parcours scolaire (article 36). Le conseil d'établissement est l'agent principal de l'autonomie de l'école et du renforcement des liens avec la communauté.

L'école est un organisme décentralisé de la commission scolaire, placé sous la responsabilité partagée d'un conseil d'établissement et de la direction d'école. Elle réalise sa mission dans le cadre d'un projet éducatif qui contient des orientations et des mesures visant l'application, l'adaptation et l'enrichissement du projet éducatif national. Le conseil d'établissement et la direction d'école ont des pouvoirs reliés aux services éducatifs et aux ressources humaines, matérielles et financières. Le conseil d'établissement a aussi des pouvoirs reliés aux services extrascolaires et une responsabilité d'évaluation. Le conseil d'établissement prend des décisions sur la base de propositions qui sont préparées par la direction d'école, avec la participation des enseignants et du personnel de l'école. Pour sa part, la direction d'école prend des décisions plus directement reliées à la fonction pédagogique sur proposition des enseignantes et des enseignants.